A Disciplina de Parasitologia foi criada pelo Professor Zeferino Vaz em 1966 incorporada à Faculdade de Ciências Médicas. Era lecionada no 3o ano do Curso Médico e instalada no 2o pavimento da Maternidade de Campinas, onde se localizava o ciclo básico. Na ocasião, havia sido contratado como Coordenador da Disciplina o Prof. Dr. Antonio Dácio Franco do Amaral, professor Titular da Faculdade de Medicina da USP. Como assistentes do Prof. Dácio foram admitidos os Instrutores Luiz Antonio Pompeu de Camargo, Débora Andrade e João Rui Oppermann Muniz. Neste mesmo ano foi nomeado o Instrutor Luiz Augusto Magalhães oriundo da Universidade Nacional de Brasília.
Em 1967 ingressou na disciplina, como Instrutor, Angelo Pires do Prado, proveniente do Instituto Oswaldo Cruz (Manguinhos). Ainda no mesmo ano, com a obtenção do título de Doutor pelo Prof. Magalhães, o Prof. Dácio desligou-se da Unicamp, assumindo a Coordenação da Disciplina o recém-Doutor.
Com a criação do Instituto de Biologia, a Disciplina de Parasitologia foi transformada em Departamento de Parasitologia incluindo disciplinas de Parasitologia e de Zoologia. Foi do Professor da Disciplina de Parasitologia a primeira Tese de Doutorado defendida na Unicamp (1967).
Em 1968 a Parasitologia foi o primeiro Departamento da Unicamp a transferir-se para o atual Campus da Universidade, na atual Cidade Universitária. Da época da fundação somente permanecem no Departamento os Professores Luiz Augusto Magalhães (atualmente como Professor Titular Convidado) e o Professor Angelo Pires do Prado.
O Departamento possui laboratórios de Protozoologia, Entomologia, Helmintologia e Zooparasitologia, oferecendo cursos de graduação para alunos de Medicina, Biologia e Enfermagem. Oferece curso de Pós-Graduação em Parasitologia, nos níveis de Mestrado e Doutorado. Professores do Departamento têm ministrado Cursos de Extensão e Pós-Graduação em outras universidades brasileiras e no exterior mantendo-se em constante intercambio com Instituições científicas nacionais e estrangeiras.