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Serviço de Processamento Científico em Cluster de Alto Desempenho – Instituto de Biologia/Unicamp

1) O que é?

Serviço para processamento de dados de Projetos Científicos, composto por equipamentos de alto desempenho, onde pesquisadores e alunos de pós-graduação do Instituto de Biologia podem executar suas análises computacionais de forma rápida e eficiente.   

2) Descrição

O Cluster Científico é composto por: 

Item

Qtd

Descrição

1

03

Servidor Dell PowerEdge R740

2

01

Storage Lenovo/Netapp FAS2720

3

01

Storage Lenovo/Netapp FAS2620

Tabela 01: equipamentos que compõem o Cluster Científico do IB.

 

Especificações Gerais

Processamento

Memória RAM

Armazenamento

288 cores

2.5TB DDR4-2933MHz

313TB  de  capacidade de armazenamento líquida (100TB para virtualização e 213TB para armazenamento)

Tabela 02: especificações gerais do Cluster.

 

Os equipamentos estão armazenados em um Data Center Container. O local conta com autenticação eletrônica por tokens, controle e registro de acesso, monitoramento por câmera, sistema redundante de alimentação e de climatização profissional, sistema automatizado de combate a princípio de incêndio, além de nobreaks para a proteção contra surtos e quedas de energia. Um gerador é acionado caso haja falha prolongada no fornecimento de energia elétrica. 

 

Figura 01: Storages Netapp/Lenovo FAS2620 e FAS2720

 

Figura 02: Servidores que compõem o Cluster Científico. 

 

https://www.ib.unicamp.br/informatica/system/files/2024-07/Foto03_rack.jpg

Figura 03: Racks do Data Center Container. 

3) Como solicitar o serviço?

 

Uma Ordem de Serviço (OS) deve ser aberta para a equipe de Informática no sistema Intranet do IB, pelo link https://intranet.ib.unicamp.br. 

 

Ao abrir a OS, informar os seguintes campos: 

  • Nome do projeto;
  • Profº/orientador responsável;
  • Aluno(s) - informar nome/matrícula;
  • Tempo de uso estimado da Virtual Machine (VM);
  • Quantidade de CPU (processadores):
  • Quantidade de memóriam RAM:
  • Tamanho do HD (disco):
  • Sistema Operacional (Linux ou Windows):
  • Necessário Interface gráfica (Sim ou Não):  
  • Processo da agência de fomento (ex: link para o site do projeto na Fapesp).

 

No campo etiqueta de cadastro, utilizar o código 9700 (IS - Inexistente).

 

 A tratativa da solicitação será registrada na própria OS. 

4) Projetos em andamento

 

Projetos Científicos em andamento

Nome do Projeto

Processo(s)

Prof. Responsável /aluno(s) PG

Data de início

Previsão conclusão

Recursos alocados (CPU/Mem)

 Meta-análise multi-ômica da resposta à infecção pelo SARS-CoV-2: uma abordagem integrada com resolução celular

Fapesp: 21/00509-7

Prof. Dr. Lício Augusto Velloso /

Davi Sidarta V. R. de Oliveira

Bruno Loyola Barbosa

Bruna Rafaela dos Santos Silva 

 

 02/2021 

12/2024

 96 cores  / 300GB 

 Busca por novos marcadores de tamanho de adipócitos

Fapesp: 21/04048-4

 Prof. Marcelo Alves da Silva Mori /

Diogo de Moraes

 03/2021

06/2024

4 cores / 40GB 

Padrões de diferenciação genômica e evolução do isolamento reprodutivo entre Pitcairnias (Bromeliaceae) endêmicas de afloramentos rochosos

Fapesp: 22/03855-6

Fapesp: 18/07596-0

 

 Profª Clarisse Palma da Silva /

Marilia Manuppella Tavares

08/2021

08/2025

20 cores / 256GB 

 Adaptação local a um gradiente altitudinal em populações do complexo de espécies Pitcairnia flammea Lindl. (Bromeliaceae) no sudeste do Brasi

Fapesp: 22/03855-6

Fapesp: 18/07596-0

 Profª Clarisse Palma da Silva /

Paulo Aecyo

 02/2022

 12/2023

 20 cores / 256GB 

Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Materiais Complexos Funcionaishttps://inomat.iqm.unicamp.br, Financiado pelo CNPq, CAPES e FAPESP

Fapesp: 14/50906-9

Prof. Eduardo Galembeck

09/2021

06/2023

8 cores / 8GB 

Caracterização do complexo transcricional do PRDM16 envolvido na ação repressora de genes relacionados à síntese de ceramidas em adipócitos

Fapesp: 19/15025-5

Prof. Carlos Henrique Grossi Sponton /

Fernando Bladimir Valdivieso Rivera

 07/2022

 03/2025

 8 cores /

40GB

 O papel dos cromossomos sexuais na divergência de anuros do complexo de espécies Physalaemus cuvieri - Physalaemus ephippifer: explorando as barreiras reprodutivas em uma zona de contato entre linhagens divergentes

FAPESP 00464-3

Profª. Luciana Bolsoni Lourenço / Helena Mattiazzo Milanez (RA 171839)

 02/2023

 02/2025

 16 cores /

200GB 

Análise da (des)proteção das áreas úmidas do Cerrado na legislação brasileira e os desafios e perspectivas para sua conservação

Processo nº 88887.822549/2023-00 do Programa PROEX

Prof. Rafael Silva Oliveira / Alessandra Bassani (RA 193435)

10/2023

12/2024

16 cores / 64GB 

Da compreensão básica a biomarcadores clínicos para a esquizofrenia: um estudo multidisciplinar centrado na neuroproteômica

Fapesp: 17/25588-1

 

Prof. Daniel Martins de Souza / Guilherme Reis de Oliveira (RA 155636)

10/2023

07/2025

04 cores / 4GB 

A evolução molecular dos cetáceos pela perspectiva dos elementos transponíveis

CAPES

Profª. Mariana Freitas Nery / Lucas Albuquerque

10/2023

03/2027

32 cores / 32GB 

Evolução molecular e padrão de expressão gênica de enzimas antioxidantes de mamíferos aquáticos tolerantes a hipoxia

Fapesp: 22/01183-0

 

Profª. Mariana Freitas Nery / Giovanna Selleghin Veiga

10/2023

04/2026

32 cores /

128GB 

História biogeográfica e pegadas genômicas das famílias de golfinhos de rio Lipotidae, Pontoporiidae e Iniidae

CAPES

Profª. Mariana Freitas Nery

10/2023

03/2024

48 cores /

128GB 

Identificação e evoluções dos retroelementos da classe LINE (Long Interspersed Nuclear Element-Profª. Mariana Freitas Nery07/202401/2026

8 cores /

128GB 

Estruturação genética entre populações insulares e continentais de espécies com diferentes síndromes de dispersãoFapesp: 22/15747-3Fábio Pinheiro / Raphael da Silva (RA 217220)11/202311/2024

20 cores /

256GB 

Modelagem de nicho ecológico e monitoramento acústico passivo de três espécies endêmicas e importantes para conservação da biodiversidade da Mata Atlântica

-

Profº Luís Felipe Toledo / João Pedro Bovolon Thomaz

08/2024

 05/2028

16 cores / 32GB

Sequenciamento e Bioinformática de Anfíbios e seus Patógenos

FAPESP:
23/11870-8

Profº Luis Felipe de Toledo Ramos Pereira / Pedro Paulo Goulart Taucci ( Pesquisador visitante convidado)

09/2024

12/2025

20 cores / 64GB

Caracterização de potenciais candidatos moleculares para as 

alterações metabólicas induzidas pela restrição de aminoácidos

FAPESP: 2023/11238-0

Prof. Dr. Everardo Magalhães Carneiro / Patrícia Villela e Silva

09/2024

07/2025

8 cores / 32GB

A ação recíproca do sistema imune e do metabolismo como principal determinante do processo de envelhecimento

FAPESP: 21/08354-2Prof. Alessandro dos Santos Faria/Rafael Silva Lima10/202409/202736 cores / 64GB

Tabela 04: projetos em andamento.

5) Projetos finalizados

Projetos Científicos finalizados

Nome do Projeto

Processo(s)

Prof. Responsável /alunos PG

Data de início

Data de conclusão

Recursos alocados (CPU/Mem)

eDNA: diversidade e conservação de anfíbios dos Campos de Floresta com Araucárias

Fapesp: 16/25358-3

Fapesp: 20/02994-7

 Prof. Luís Felipe de Toledo Ramos Pereira /

Júlia Renata Ernetti 

 07/2021

 09/2021

 16 cores / 16GB

 Padrões para diversidade beta taxonômica e filogenética e os processos estruturantes das comunidades de espécies arbóreas nas florestas da Amazônia

Fapesp:  20/03379-4

Profª Clarisse Palma da Silva / 

Dr. Bruno Garcia Luize

 08/2021

 11/2021

 16 cores / 400GB 

Planejamento e síntese de novos fosfolipídios antitumorais inibidores da enzima trifosfato de citidina (CTP):fosfocolina citidililtransferase humana.

Fapesp: 18/08585-1

Prof. Daniel Fábio Kawano (FCF)

08/2022

09/2022

12 cores /

32 GB 

Tabela 05: projetos finalizados.