Serviço de Processamento Científico em Cluster de Alto Desempenho – Instituto de Biologia/Unicamp

1) O que é?

Serviço para processamento de dados de Projetos Científicos, composto por equipamentos de alto desempenho, onde pesquisadores e alunos de pós-graduação do Instituto de Biologia podem executar suas análises computacionais de forma rápida e eficiente.   

2) Descrição

O Cluster Científico é composto por: 

Item

Qtd

Descrição

RTI

1

02

Servidor Dell PowerEdge R740

Projeto FAPESP nº 2020/10107-0

2

01

Storage Lenovo/Netapp FAS2720

Projeto FAPESP 2019/13005-7

3

01

Storage Lenovo/Netapp FAS2620

Projeto FAPESP 2018/09766-0

Tabela 01: equipamentos que compõem o Cluster Científico do IB.

Especificações Gerais

Processamento

Memória RAM

Armazenamento

192 cores

(4 processadores Intel® Xeon® Gold 6252 2.1 GHz c/ 48 threads)

1.2TB DDR4-2933MHz

(640GB/nó)

313TB  de  capacidade de armazenamento líquida (100TB para virtualização e 213TB para armazenamento)

 

Tabela 02: especificações gerais do Cluster.

 

Os equipamentos estão armazenados em um Data Center Container. O local conta com autenticação eletrônica por tokens, controle e registro de acesso, monitoramento por câmera, sistema redundante de alimentação e de climatização profissional, sistema automatizado de combate a princípio de incêndio, além de nobreaks para a proteção contra surtos e quedas de energia. Um gerador é acionado caso haja falha prolongada no fornecimento de energia elétrica. 

 

Figura 01: Storages Netapp/Lenovo FAS2620 e FAS2720

 

Figura 02: Servidores que compõem o Cluster Científico. 

 

https://lh3.googleusercontent.com/TqSZrxUCNhKi8lqUOco226IOLGwA3ZdLn2O28qU_HrtoCwsa67qcMo1KRdutes8YudzzEPDyBi0dMPSecqYS8axh-kxMraR3Zn35J2nksF2CPnFZBeqx0fBUvXIJir4YPyydCAI

Figura 03: Racks do Data Center Container. 

3) Templates  

 

Dois Templates estão disponíveis, com a seguinte configuração:  

 

Template 1

Sistema Operacional

Debian 10 x64

Processamento

4 cores

Memória RAM

4GB

Armazenamento

240GB

Tabela 03: configuração do Template 1

 

Template 2

Sistema Operacional

Ubuntu 20.04 LTS x64

Processamento

4 cores

Memória RAM

4GB

Armazenamento

240GB

Tabela 04: configuração do Template 2

 

Especificações personalizadas poderão ser criadas de acordo com os requisitos do projeto a ser executado e serão analisadas caso a caso. 

4) Como solicitar o serviço?

 

Uma Ordem de Serviço (OS) deve ser aberta para a equipe de Informática no sistema Intranet do IB, pelo link https://intranet.ib.unicamp.br. 

Ao abrir a OS, informar os seguintes campos: 

  • Nome do projeto;
  • Profº/orientador responsável;
  • Aluno(s) - informar nome/matrícula;
  • Tempo de uso estimado da Virtual Machine (VM);
  • Template a ser usado; 
  • Processo da agência de fomento (ex: link para o site do projeto na Fapesp).

Obs: se for necessária uma especificação customizada de threads (cpu), memória e armazenamento, informar os valores e a justificativa para essa configuração. 

 A tratativa da solicitação será registrada na própria OS. 

 

5) Projetos em andamento

 

Projetos Científicos em andamento

Nome do Projeto

Processo(s)

Prof. Responsável /aluno(s) PG

Data de início

Previsão conclusão

Recursos alocados (CPU/Mem)

 Meta-análise multi-ômica da resposta à infecção pelo SARS-CoV-2: uma abordagem integrada com resolução celular

Fapesp: 21/00509-7

Prof. Dr. Lício Augusto Velloso /

Davi Sidarta V. R. de Oliveira

Bruno Loyola Barbosa

Bruna Rafaela dos Santos Silva 

 02/2021 

 08/2022

 20 cores  / 160GB RAM

 Busca por novos marcadores de tamanho de adipócitos

Fapesp: 21/04048-4

 Prof. Marcelo Alves da Silva Mori /

Diogo de Moraes

 03/2021

06/2024

4 cores / 40GB RAM

Padrões de diferenciação genômica e evolução do isolamento reprodutivo entre Pitcairnias (Bromeliaceae) endêmicas de afloramentos rochosos

Fapesp: 22/03855-6

Fapesp: 18/07596-0

 

 Profª Clarisse Palma da Silva /

Marilia Manuppella Tavares

08/2021

08/2025

16 cores / 256GB RAM

 Adaptação local a um gradiente altitudinal em populações do complexo de espécies Pitcairnia flammea Lindl. (Bromeliaceae) no sudeste do Brasi

Fapesp: 22/03855-6

Fapesp: 18/07596-0

 Profª Clarisse Palma da Silva /

Paulo Aecyo

 02/2022

 12/2023

 4 cores / 256GB RAM 

Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Materiais Complexos Funcionaishttps://inomat.iqm.unicamp.br, Financiado pelo CNPq, CAPES e FAPESP

Fapesp: 14/50906-9

Prof. Eduardo Galembeck

09/2021

06/2023

8 cores / 8GB RAM

Caracterização do complexo transcricional do PRDM16 envolvido na ação repressora de genes relacionados à síntese de ceramidas em adipócitos. 

 

Carlos Henrique Grossi Sponton /

Fernando Bladimir Valdivieso Rivera

 07/2022

 05/2023

 8 cores /

40GB RAM

Tabela 06: projetos em andamento.

 

6) Projetos finalizados

Projetos Científicos finalizados

Nome do Projeto

Processo(s)

Prof. Responsável /alunos PG

Data de início

Data de conclusão

Recursos alocados (CPU/Mem)

eDNA: diversidade e conservação de anfíbios dos Campos de Floresta com Araucárias

Fapesp: 16/25358-3

Fapesp: 20/02994-7

 Prof. Luís Felipe de Toledo Ramos Pereira /

Júlia Renata Ernetti 

 07/2021

 09/2021

 16 cores / 16GB RAM

 Padrões para diversidade beta taxonômica e filogenética e os processos estruturantes das comunidades de espécies arbóreas nas florestas da Amazônia

Fapesp:  20/03379-4

Profª Clarisse Palma da Silva / 

Dr. Bruno Garcia Luize

 08/2021

 11/2021

 16 cores / 400GB RAM 

Planejamento e síntese de novos fosfolipídios antitumorais inibidores da enzima trifosfato de citidina (CTP):fosfocolina citidililtransferase humana.

Fapesp: 18/08585-1

Prof. Daniel Fábio Kawano (FCF)

08/2022

09/2022

12 cores /

32 GB RAM

Tabela 06: projetos finalizados.