Disciplinas - Férias de Verão/2019

NT256 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIOLOGIA VEGETAL I – TURMA IK

Tema: Modelagem de Nicho Ecológico

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira  a  Sexta-feira das  09:00 às 18:00
Local/Sala: a definir
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/02/2019 a 08/02/2019)
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Ingrid Koch
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

 

PROGRAMA:

  1. Conceito de nicho ecológico e modelagem de distribuição espécies (tipos de nicho e de distribuição).
  2. Usos dos modelos de nicho ecológico e de distribuição de espécies.
  3. Delineamento experimental em modelagem de nicho e de distribuição de espécies.
  4. Ocorrência de espécies (fontes, tipos de viés das ocorrências, limpeza das ocorrências).
  5. Dados ambientais (fontes, tipos, resolução, seleção de variáveis, correção da multicolinearidade).
  6. Pseudo-ausências (diferença entre ausências, pseudo-ausências e background points, formas de alocação de pseudo-ausências, relação presenças/pseudo-ausências)
  7. Algoritmos (tipos segundo complexidade e dados de entrada, modelos consenso).
  8. Área utilizada para o ajuste de modelos
  9. Validação de modelos (Partição de dados, métricas de acurácia).
  10. Limites de corte (tipos e relação com os objetivos da modelagem).
  11. Técnicas para restringir a distribuição potencial
  12. Modelagem utilizando ambiente de programação R.
  13. Desenvolvimento de projetos individuais pelos alunos.
  14. Discussão dos resultados obtidos, dicas para redação de artigos na área.

 
CRONOGRAMA:
04/02 - Revisão - conhecimento prévio;
05/02 - Embasamento teórico, exemplos de estudos
06/02 - Delineamento dos projetos; Metodologia
07/02 – Metodologia e experimentos
08/02 – Análise e apresentação dos resultados


BIBLIOGRAFIA:

Barve, N., Barve, V., Jiménez-Valverde, A., Lira-Noriega, A., Maher, S.P., Peterson, A.T., Soberón, J., Villalobos, F., 2011. The crucial role of the accessible area in ecological niche modeling and species distribution modeling. Ecological Modelling 222, 1810–1819. https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2011.02.011

Fourcade, Y., Besnard, A.G., Secondi, J., 2017. Paintings predict the distribution of species, or the challenge of selecting environmental predictors and evaluation statistics. Global Ecology and Biogeography. https://doi.org/10.1111/geb.12684

Franklin, J., 2013. Species distribution models in conservation biogeography: developments and challenges. Diversity and Distributions 19, 1217–1223. https://doi.org/10.1111/ddi.12125

Guisan, A., Rahbek, C., 2011. SESAM - a new framework integrating macroecological and species distribution models for predicting spatio-temporal patterns of species assemblages: Predicting spatio-temporal patterns of species assemblages. Journal of Biogeography 38, 1433–1444. https://doi.org/10.1111/j.1365-2699.2011.02550.x
Guisan, A., Tingley, R., Baumgartner, J.B., Naujokaitis-Lewis, I., Sutcliffe, P.R., Tulloch, A.I.T., Regan, T.J., Brotons, L., McDonald-Madden, E., Mantyka-Pringle, C., Martin, T.G., Rhodes, J.R., Maggini, R., Setterfield, S.A., Elith, J., Schwartz, M.W., Wintle, B.A., Broennimann, O., Austin, M., Ferrier, S., Kearney, M.R., Possingham, H.P., Buckley, Y.M., 2013. Predicting species distributions for conservation decisions. Ecology Letters 16, 1424–1435. https://doi.org/10.1111/ele.12189
Jarnevich, C.S., Stohlgren, T.J., Kumar, S., Morisette, J.T., Holcombe, T.R., 2015. Caveats for correlative species distribution modeling. Ecological Informatics 29, 6–15.
Jarnevich, C.S., Talbert, M., Morisette, J., Aldridge, C., Brown, C.S., Kumar, S., Manier, D., Talbert, C., Holcombe, T., 2017. Minimizing effects of methodological decisions on interpretation and prediction in species distribution studies: An example with background selection. Ecological Modelling 363, 48–56. https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2017.08.017
Peterson, A. T., Soberón, J., Pearson, R. G., Anderson, R. P., Martínez-Meyer, E., Nakamura, M. and M. B. Araújo. 2011. Ecological Niches and Geographic Distributions. Princeton University Press.
Peterson, A.T., Soberón, J., 2012. Species Distribution Modeling and Ecological Niche Modeling: Getting the Concepts Right. Natureza & Conservação 10, 102–107. https://doi.org/10.4322/natcon.2012.019
Qiao, H., Soberón, J., Peterson, A.T., 2015. No silver bullets in correlative ecological niche modelling: insights from testing among many potential algorithms for niche estimation. Methods in Ecology and Evolution 6, 1126–1136. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12397
Soberón, J., Peterson, A.T., 2005. Interpretation of models of fundamental ecological niches and species’ distributional areas. Biodiversity Informatics 2, 1–10. https://doi.org/10.17161/bi.v2i0.4
Velazco, S. J. E., Galvão, F., Villalobos, F., De Marco, P. 2017. Using worldwide edaphic data to model plant species niches: An assessment at a continental extent. PLOS ONE, 1-24. disponível em: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0186025, em 13/08/2018.

 

NT256 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIOLOGIA VEGETAL I – TURMA MCA

Tema:  BOTANICAL NOMENCLATURE WORKSHOP: INTERNATIONAL CODE OF NOMENCLATURE FOR ALGAE, FUNGI AND PLANTS (SHENZHEN CODE, 2018)

 

Obs.: É fundamental que os alunos solicitem autorização para o docente responsável antes de efetuar sua matrícula nessa disciplina. A disciplina será ministrada em inglês

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira  a  Sexta-feira  das 09:00 às 17:00
Local/Sala: a definir
Férias de Verão (de 11 a 15/02/2019)
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 1
Responsável: Maria do Carmo Estanislau do Amaral
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

 

PROGRAMA:
- Histórico da nomenclatura botânica: de pré-Linnaeus até o Código de Shenzhen
- Independência dos códigos de nomenclatura botânica e zoológica
- Nomes validamente e invalidamente publicados
- Elaboração de nomes com as corretas declinações em latim
- Autoria de nomes validamente publicados
- Nomes legítimos e ilegítimos
- Rejeição de nomes


CRONOGRAMA:
1st Day - 11/02/2019


1st lecture: An overview of nomenclature from pre-Linnaeus to the Shenzhen Code

2nd lecture: Review of the physical structure of the Shenzhen Code

2nd  Day – 12/02/2019

3th lecture [Preamble, Ranks and Names of Taxa (appropriate Articles 1 – 5 and 16 – 28 of the Shenzhen Code)]

4th lecture [Status, Typification, Starting Points, Conservation, Sanctioning (Articles 6 – 15 of the Shenzhen Code)]

3rd Day - 13/02/2019

5th lecture [Effective Publication; Validity of Names Part I (Articles 29 – 39 of the Shenzhen Code)]

6th lecture [Validity of Names Part II] (Articles 40 – 45 of the Shenzhen Code)]

4th Day- 14/02/2019

7th lecture [Authorship Citation (Articles 46 – 50 of the Shenzhen Code)]

8th lecture [Rejection of Names-I (Articles 51 – 53 of the Shenzhen Code)]

9th lecture [Rejection of Names-II (Articles 54 – 59 of the Shenzhen Code)]

5th Day- 15/02/2019

10th lecture [Orthography (Articles 60 – 62 of the Shenzhen Code)]

11th lecture [hybrid names]

12th lecture [Fungal Code]


BIBLIOGRAFIA:
A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina

NT256 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIOLOGIA VEGETAL I – TURMA PSG

Tema:  Análise de dados e apresentação de gráficos usando a linguagem R.

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira, Quarta-feira  e  Sexta-feira das 09:00 às 18:00
Local/Sala:  a definir
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/02/2019 a 15/02/2019)
Vagas: 12
Mínimo de alunos: 2
Responsável: Peter Stoltenborg Groenendyk
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções
 

PROGRAMA:
A linguagem de programação R está se tornando crucial para análisar dados de pesquisa. A disciplina trabalhará as possibilidades de trabalhar com o programa R para exploração, análise estatística e apresentação de dados. A linguagem de programação do R será introduzida de forma básica, trabalhando a entrada, formatação e análises exploratórias de dados. Os alunos irão aprender a usar o pacote base do R para fazer gráficos simples (de ponto, linha, barra e boxplots), e a usar o pacote ggplot2 para fazer gráficos mais complexos. No final será abordado como formatar gráficos, incluír neles resultados estatísticos e sua exportação em diversos formatos. A avaliação será feita por meio de exercícios pós aula (pelo Google Classroom) bem como pela participação do discente durante as aulas e no Classroom.


CRONOGRAMA:
Aulas teóricas de manhã e práticas à tarde, três vezes por semana, durante as duas primeiras semanas de fevereiro:

  • 04/02 - Introdução à linguagem R e ao RStudio
  • 06/02 - Leitura, indexação e manipulação de dados no R
  • 08/02 - Operações com os dados no R (pacotes base, dplyr e tidyr)
  • 11/02 - Análise exploratória dos dados e gráficos base (ponto, linha, barra e boxplot)
  • 13/02 - Gráficos no ggplot2 (gráficos complexos com poucos comandos) 
  • 15/02 - Apresentar resultados estatísticos nos gráficos e exportação de gráficos

 

A disciplina também é oferecida pelo programa da Ecologia (NE320). Número máximo de alunos 25: 13 pelo PPG-ECO e 12 pelo PPG-BV.

 

BIBLIOGRAFIA:
Será disponibilizada ao longo da disciplina em formato PDF

NT256 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIOLOGIA VEGETAL I – TURMA PS

Tema:  Flowering Plants – Phylogeny, Evolution, Diversification - disciplina ministrada pelo Prof. Dr. Peter F. Stevens, Missouri Botanical Garden, USA

Obs.: a disciplina será ministrada em inglês

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira  a  Sábado  das  09:00 às  17:00
Local/Sala:
Período de oferecimento:  Férias de Verão (de 14/01/2019 a 19/01/2019 18 a 23/02/2019)* alterado em 14/12/2018 a pedido da professora responsável
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Maria do Carmo Estanislau do Amaral
Convidado: Prof. Dr. Peter F. Stevens, Missouri Botanical Garden, USA
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

PROGRAMA:

The goal of this course is to give you some understanding of/appreciation for the morphology, evolution and diversification of flowering plants. Another goal is to think how flowering plants - indeed, land plants in general - have helped shape the biosphere by their interactions with other organisms and the ecological consequences of their physiology.


Approximate schedule of lectures:
Monday: 1. Amborellales to Magnoliids.
Thinking of the phylogeny and evolution of flowering plants - what do we need to know, and do we know it?
Interpretation of phylogenetic trees and classifications. 
Setting the scene: review alternation of generations, principles of morphology, lignophytes, gymnosperms, and basic seed/flowering plant construction. Lianes.
2. Acorales to Asparagales. 
Monocots - different principles of plant construction.
Orchids, and how to measure success; an example of diversification?
Tuesday: 3. Arecales to Zingiberales.
How to be a woody monocot (screw palms, palms, bamboos, etc.).
Grasses, grasslands, and C4 photosynthesis.
4. Ranunculales to Malpighiales 1.
Why dense veins are more important than flowers: the evolution of tropical rain forests and the K/P boundary.
Marine angiosperms: the mangrove and sea-grass ecosystems.
Wednesday: 5. Malpighiales 2 to Rosales.
Nitrogen fixation.
6. Cucurbitales to Sapindales.
Fungi and plants: endophytes, ecto- and endo-mycorrhizae, and mycoheterotrophs; a central role in carbon sequestration?
Thursday: 7. Huerteales to Caryophyllales.
Extreme ecophysiological variation – carnivorous and epiphytic plants, plants of saline and desert habitats. CAM photosynthesis.
8. Cornales to Garryales. 
Tropical rainforests again. The asterids and diversification, the central role of the old Icacinaceae.
Friday: 9. The asterid I/lamiid clade. Gentianales to Lamiales.
Plant-pollinator interactions: the many and the few, or why many species with specialized flowers are pollinated by few generalist pollinators.
10. The asterid II/campanulid clade.
Plants and changing climates: what has happened since the Devonian or thereabouts.
Saturday: 11. Summary: flowering plants, evolution and diversification.

CRONOGRAMA:
14/01 - Amborellales to Magnoliids; Acorales to Asparagales
15/01 - Arecales to Zingiberales; Ranunculales to Malpighiales 1
16/01 - Malpighiales 2 to Rosales; Cucurbitales to Sapindales
17/01 - Huerteales to Caryophyllales; Cornales to Garryales
18/01 - The asterid I (lamiid clade): Gentianales to Lamiales; The asterid II (campanulid clade)
19/01 - Summary: flowering plants, evolution and diversification

BIBLIOGRAFIA:
A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina

 

NT256 - TÓPICOS ESPECIAIS EM BIOLOGIA VEGETAL I – TURMA LKN - DISCIPLINA CANCELADA

Tema:  Restauração ambiental / recuperação de áreas degradadas

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira  a  Sexta-feira das  08:00 às 12:00 e das 14:00  às  18:00
Local/Sala:  LB07; Fazenda Argentina
Período de oferecimento:  Férias de Verão (de 28/01/2019 a 08/02/2019)
Vagas: 5
Mínimo de alunos: 1
Responsável: László Károly Nagy
Colaboradora: Débora Cristina Rother
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções