Disciplinas oferecidas no 1º semestre de 2018

NG110 - TÓPICOS ESPECIAIS EM GENÉTICA – TURMA FRS

Tema: Métodos computacionais em Bioinformática

Créditos: 4
Horário: Segundas-feiras 8 - 12H00 - INÍCIO: 05/03/18

Local/Sala: Sala de Treinamento 1 da Embrapa Informática Agropecuária (campus da Unicamp em Campinas)
Período de oferecimento: Todo o 1º semestre
Vagas: 23
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Felipe Rodrigues da Silva

Colaboradores: Marcelo Falsarella Carazzolle, Renato Vicentini dos Santos e Sérgio Furtado dos Santos
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

Programa:
Alinhamento de Sequências
Montagem de genomas
Blast, Bancos de Dados e Busca em Bancos de Dados
Transcriptoma
Introdução a Biologia de Sistemas
Análise Metagenômica e Metatranscriptômica
Filogenia Molecular e Filogenômica
Identificação de SNVs e InDels utilizando dados de ressequenciamento
Modelagem Comparativa de Macromoléculas
 
Cronograma:   2as-feiras, de 8:00 ao 12:00.


Bibliografia:   A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina.

 

NG234 - SEMINÁRIOS DO CENTRO DE BIOLOGIA MOLECULAR E ENGENHARIA GENÉTICA – TURMA KBM

Observação: A disciplina será ministrada em inglês

Créditos: 2
Horário: Quintas-feiras 16 - 18H00 - INÍCIO: 01/03
Local/Sala: Auditório Adilson Leite – CBMEG

Período de oferecimento: Todo o 1º semestre
Vagas: 60
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Katlin Brauer Massirer
Colaboradores: Mario Henrique Bengtson
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

Programa:
Os seminários são proferidos por palestrantes convidados da Unicamp e de outras Instituições do país e do exterior sobre temas atuais em ciências biológicas, genética, genômica e química medicinal. Alguns seminários abordarão também politica cientíca e filosofia da ciência. Em dois dias os alunos apresentarão seu projeto em apresentações de 10 minutos. Avaliação baseada em "reports críticos" sobre 5 dos seminários.

Cronograma:
Serão realizados 15 seminários sendo 1 por semana, todas as quintas feiras das 16 as 18h.

Bibliografia:  A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina.

 

NG265 - FUNDAMENTOS DA TAXONOMIA E POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DAS BACTÉRIAS – TURMA FFG

Observação: A disciplina será ministrada em inglês

Créditos: 3
Horário: Quintas-feiras 9 - 12H00 - INÍCIO: 01/03
Local/Sala:  Reuniões da Biblioteca/IB -  (Dias 05/04 e 03/05/2018, será na Congregação)

Período de oferecimento: Todo o 1º semestre a partir de 01/03/2018
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Fabiana Fantinatti Garboggini
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:
Introdução à taxonomia de micro-organimos.

Classificação, nomenclatura e identificação de micro-organismos procariotos. Abordagem polifásica (métodos fenotípicos e genotípicos) na caracterização e identificação dos principais grupos de bactérias. Aplicação de técnicas moleculares no diagnóstico de micro-organismos. Fundamentos de sistemática filogenética: análise de sequências de nucleotídeos, bancos de dados biológicos, alinhamento múltiplo de sequências e inferência filogenética (métodos de reconstrução filogenética). Sequenciamento de genomas. Genômica comparativa na taxonomia e filogenia de bactérias. Diversidade e potencial biotecnológico de alguns grupos de bactérias. Coleções de culturas microbianas.

Cronograma:
♦ 01/03/2018
Apresentação do curso
Introdução à taxonomia de micro-organismos

      • Histórico da taxonomia microbiana
      • Conceitos básicos
      • Métodos fenotípicos X métodos genotípicos em taxonomia


♦ 08/03/2018
Métodos moleculares para identificação e caracterização de micro-organismos

  • Análise de polimorfismo de fragmentos de restrição do DNA genômico (RFLP; PFGE; Hibridação de Southern; Ribotipagem)
  • Técnica de tipagem baseada em PCR (ARDRA, rep-PCR, RT-PCR, nested-PCR, multiplex-PCR)


♦ 15/03/2018
Identificação de micro-organismos baseada na análise de sequências do operon ribossomal;

  • Sequenciamento de DNA
  • Banco de dados de sequências
  • Construção de árvores filogenéticas


♦ 22/03/2018
Análises de Multilocus para tipagem de micro-organismos

  • MLST (Multilocus Sequence Typing)
  • MLSA (Multilocus Sequence Analysis)


♦ 05/04/2018
Genômica Microbiana

  • Proteômica
  • Transcriptoma
  • Genômica estrutural


♦ 12/04/2018
Aplicação Industrial dos micro-organismos

  • Produtos e processos da microbiologia industrial
  • Produtos da degradação microbiana
  • Produtos de síntese microbiana
  • Antibióticos e outros agentes quimioterápicos
  • Biorremediação


♦ 19/04/2018
Aplicação Industrial dos micro-organismos

  • Produtos e processos da microbiologia industrial
  • Produtos da degradação microbiana
  • Produtos de síntese microbiana
  • Antibióticos e outros agentes quimioterápicos
  • Biorremediação


♦26/04/2018
Coleções de culturas e métodos de preservação de micro-organismos
Acesso ao PG e ao CTA - Lei da biodiversidade
Seminários dos alunos

♦ 03/05/2018
Palestra: Dra. Suzete Aparecida Lanza Destéfano.
Tema da Palestra: "Diagnóstico de bactérias fitopatogênicas.”
Seminários dos alunos

♦ 10/05/2018
Palestra: Dr. Alysson Wagner Fernandes Duarte.
Tema da Palestra: “Utilização do Planejamento Experimental em Processos Biotecnológicos.”
Seminários dos alunos

♦ 17/05/2018
Palestra: Dra. Derlene Attili de Angelis.
Tema da Palestra: “Taxonomia de Fungos.”
Seminários dos alunos

♦ 24/05/2018
Palestra: Dra. Marta Cristina Teixeira Duarte.
Tema da Palestra: “Plantas medicinais e aromáticas e suas atividades antimicrobianas”.
Seminários dos alunos

♦ 07/06/2018
Palestra: Dra. Valéria Maia Merzel
Tema da Palestra: “Caracterização de comunidades microbianas.”
Seminários dos alunos

♦ 14/06/2018
Prova

♦ 21/06/2018
Exame

MECANISMO DE AVALIAÇÃO DOS ALUNOS:

  • Comparecimento às aulas (frequência)
  • 2 aulas de avaliação: 1 prova e 1 apresentação de seminário sobre projetos que utilizem o conhecimento adquirido no curso.


Bibliografia:
Microbial Genome - FRASER, C. M.; READ, T. D.; NELSON, K. E., Humana Press, 2004.

Bergey`s manual of systematic bacteriology - BOONE, D.R.; CASTENHOLZ, R.W., Second Edition, Ed. Springer-Verlag, vol. 1, 2001.

Systematics and Evolution. Part A and Part B. - MCLAUGHLIN, D.J.; MCLAUGHLIN. E. G.; LEMKE, P.A., Springer-Verlag, 2001.

Polyphasic taxonomy, a consensus approach to bacterial systematics - VANDAMME P., POT B., GILLIS M., DE VOS P., KERBSTERS K., SWINGS J., Microbiological Reviews, vol. 60, pag. 407-438, 1996.

Taxonomy of Prokaryotes, First Edition, RAINEY & OREN, Elsevier, p 473, 2011.

New approaches to Prokaryotic Systematics, First Edition, GOODFELLOW, SUTCLIFFE & CHUN, p 327, 2014.

 

NG283 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM IV - FP CANCELADA

Tema: Inglês para profissionais da área de Ciências Biológicas

Créditos: 4
Horário: Segunda e sexta das 8 - 12H00
Local/Sala:  IB11 (Prédio da CPG-IB, Bloco O, 2o piso)

Período de oferecimento: 2ª metade do 1º semestre
Vagas: 40
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Fabio Papes
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:
Haverá aulas nos seguintes temas pertinentes ao profissional da área de ciências biológicas:
- pronúncia de termos específicos da área biológica
- principais construções frasais para sobrevivência no laboratório da área biológica
- elaboração de Resumé e CV em inglês

Cronograma:
Haverá aulas nos seguintes temas pertinentes ao profissional da área de ciências biológicas:
- pronúncia de termos específicos da área biológica
- principais construções frasais para sobrevivência no laboratório da área biológica
- elaboração de Resumé e CV em inglês


Bibliografia:  A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina.

 

NG283 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM IV - MAV

Tema: Imunologia básica

Créditos: 4
Horário: Segunda e quinta das 14 - 18H00
Local/Sala:  IB06/Segunda (Prédio da CPG-IB, Bloco O, 1o piso) e IB13/quinta (Bloco E2 - 1º Piso - Prédio da Microbiologia)

Período de oferecimento: 1ª metade do 1º semestre a partir de 26/02/2018
Vagas: 15
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Marco Aurélio Ramirez Vinolo
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:
A proposta da disciplina é discutir oito tópicos (listados a seguir) que são abordados no programa de disciplinas de Imunologia da graduação. Durante a disciplina, tanto o conteúdo quanto o formato de apresentação e abordagem desses tópicos, serão analisados e discutidos. Além disso, também trataremos de avanços científicos nas áreas de pesquisa dos tópicos.

Tópicos: Imunidade inata: reconhecimento e funções efetoras de componentes do sistema imune inato. Inflamação: mediadores e células envolvidas. Migração celular: interação endotélio leucócito e ação de quimiocinas. Moléculas associadas a apresentação de antígenos e células dendríticas. Ativação e função efetora de células T. Ativação e função efetora de células B. Mecanismos de controle da resposta imune e tolerância imunológica. Imunologia de mucosas

Cada tópico será discutido em duas aulas. Na primeira aula será feita a discussão do tópico em grupo (cerca de 1 hora). A seguir, os grupos se reunirão para discutir casos clínicos e formato de GDs voltados ao tópico a ser discutido. No final da aula, os grupos apresentarão suas considerações quanto a esse aspecto. Além disso, durante esse período serão selecionados artigos recentes associados ao conteúdo para serem analisados em grupo na outra aula. Na segunda aula será feita a apresentação da aula referente a algum aspecto, previamente selecionado, do tópico (40 min.) seguido de discussão da forma de apresentação e conteúdo. Depois serão feitas duas ou três discussões de resultados dos artigos selecionados, nas quais serão abordadas as questões discutidas em aula (cada uma 15 min.). Ao final da segunda aula será feito um teste de aprendizado que englobará o conteúdo tratado no módulo (15 min/no máximo).

 
Cronograma:
Aulas de Segunda e Quinta-feira das 14:00 às 18:00 horas.
1) Apresentação do curso e discussão do formato da disciplina (Primeira semana - 26/02 e 01/03)
2) Tópico 1: Imunidade inata: reconhecimento e funções efetoras de componentes do sistema imune inato.(Segunda semana - 05/03 e 08/03)
3) Tópico 2: Inflamação: mediadores e células envolvidas.(Terceira semana - 12/03 e 15/03)
4) Tópico 3: Migração celular: interação endotélio leucócito e ação de quimiocinas. (Quarta semana - 19/03 e 22/03)
5) Tópico 4: Moléculas associadas a apresentação de antígenos e células dendríticas.(Quinta semana - 26/03 e 29/03)
6) Tópico 5: Ativação e função efetora de células T.(Sexta semana - 02/04 e 05/04)
7) Tópico 6: Ativação e função efetora de células B.(Sétima semana - 09/04 e 12/04)
8) Tópico 7: Mecanismos de controle da resposta imune e tolerância imunológica.(Oitava semana - 16/04 e 19/04)
9) Tópico 8: Imunologia de mucosas (Nona semana - 20/04 e 24/05)
10) Considerações finais e análise da disciplina (24/05)
 
Bibliografia:  A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina.

 

NG298 - ECOEPIDEMIOLOGIA MOLECULAR DE VETORES E SEUS PATÓGENOS - CEA

 

Créditos: 2
Horário: Quartas-feiras 9 - 11H00  - INÍCIO: 02/05
Local/Sala:  IB06 (Prédio da CPG-IB, Bloco O, 1o piso)

Período de oferecimento: 2ª metade do 1º semestre

Vagas: 20
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Carlos Eduardo Almeida
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

Programa:
A disciplina abordará: (i) histórico e evolução de diferentes métodos moleculares (ex: sistemática molecular, detecção molecular de fontes alimentares e infecção natural) mais frequentemente usados em entomologia e microbiologia (ii) princípios, aplicações e limitações dos métodos moleculares, (iii) interpretação de dados moleculares em insetos e patógenos e (iv) abordagens inovadoras e perspectivas futuras. A disciplina terá enfoque nas abordagens integradas (moleculares e não moleculares) que podem otimizar os resultados. Ao final do curso o aluno deverá ser capaz de reconhecer marcadores e métodos moleculares adequados para as perguntas mais comuns em insetos e patógenos de interesse médico.

 
Cronograma:
Todas as quartas feiras no turno da manhã 

Bibliografia:
Kamb A. 2011. Next-generation sequencing and its potential impact. Chem Res Toxicol 24: 1163-1168. Manel S, Schwartz MK, Luikart G, Taberlet P. 2003. Landscape genetics: combining landscape ecology and population genetics. Trends Ecol Evol 18: 189–197. Montagné N, de Fouchier A, Newcomb RD, Jacquin-Joly E. 2015. Advances in the identification and characterization of olfactory receptors in insects. Prog Mol Biol Transl Sci. 130: 55-80. Monteiro FA, Marcet PL, Dorn P. 2010. Population Genetics of Triatomines. In: American Trypanosomiasis Chagas Disease. DOI: 10.1016/B978-0-12-384876-5.00008-3. Storfer A, Murphy MA, Spear SF, Holderegger R, Waits LP. 2010. Landscape genetics: where are we now?Mol Ecol. Sep;19(17):3496-514. doi: 10.1111/j.1365-294X.2010.04691.x.

 

NM304 - MICROBIOLOGIA MOLECULAR - CEM

 

Créditos: 3
Horário: Quintas-feiras 14 - 18H00 - INÍCIO 03/05/18
Local/Sala:  IB11 (Prédio da CPG-IB, Bloco O, 2o piso)

Período de oferecimento: 2ª metade do 1º semestre
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Cristina Elisa Alvarez Martinez
Colaboradores: Jose Luiz Proença Modena e Marcelo Brocchi
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

Programa:
A disciplina aborda aspectos avançados da Microbiologia Molecular de bactérias e vírus e consistirá em aulas teóricas e discussão de artigos científicos apresentados pelos alunos. Ao final do curso os alunos apresentarão um projeto de pesquisa (escrito em inglês) sobre tema de escolha apresentado ao longo disciplina. Temas abordados: replicação do DNA, divisão celular bacteriana e multiplicação viral, transcrição, tradução e mecanismos de regulação da expressão gênica em bactérias, sistemas de secreção de proteínas em bactérias, mecanismos moleculares de patogenicidade por bactérias e vírus, transferência horizontal e plasticidade do genoma bacteriano, e mecanismos de indução de shut off transcricional e traducional por vírus.

Cronograma:
A disciplina ocorrerá às quintas feiras de 14 as 18 hs.

Bibliografia:
Lewin B. Genes XI. 2012. Jones & Bartlett Publishers; 11 edition. Madigan M, Martinko J, Dunlap PV, Clark DP. 2012. Brock Biology of Microorganisms. Benjamin Cummings; 13 edition. Salyers AA, Whitt DD. 2011. Bacterial Pathogenesis: A Molecular Approach. ASM Press; 3 edition. Snyder L, Champness W. 2013. Molecular Genetics of Bacteria. ASM Press, Washington, DC, 4 edition.

 

NM305 - PATOGÊNESE DE VÍRUS EMERGENTES - JLM

 

Créditos: 3
Horário: Terças-feiras 8 - 12H00 - INÍCIO: 27/02
Local/Sala:  IB06 (Prédio da CPG-IB, Bloco O, 1o piso)

Período de oferecimento: 1ª metade do 1º semestre
Vagas: 15
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Jose Luiz Proença Modena
Colaboradores: Rafael Elias marques Pereira Silva
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:
Esta disciplina oferece um entendimento avançado sobre doenças virais emergentes, baseando-se na discussão de artigos científicos recentes e revisões abrangentes sobre os assuntos alvos. Focaremos a disciplina no estudo de vírus transmitidos por artrópodes (arbovirus) e a caracterização das doenças causadas pelos mesmos, divididas em manifestações febris exantemáticas, doença articular e manifestações neurológicas. Alguns dos vírus estudados serão: zika, chikungunya, oropouche, mayaro, dengue e febre do oeste do nilo. Os mecanismos de patogenecidade incluirão as vias de reconhecimento imunológicos e os mecanismos de escape utilizados por esses vírus.

A avaliação será baseada na apresentação de seminários e na discussão em sala de aula dos temas abordados. Se necessário, será ministrado uma prova dissertativa no último dia da disciplina.

Cronograma:
A disciplina será ministrada em duas semanas consecutivas das 8:00h as 12:00h.
Aula 1: Introdução aos vírus emergentes
Aula 2: Introdução à resposta imune aos vírus
Aula 3: Mecanismos imonológicos do desenvolvimento de dengue hemorrágica
Aula 4: A síndrome congênita do Zika vírus
Aula 5: Manifestações neurológicas e Guillain-Barré em crianças e adultos
Aula 6: Doença articular causada por CHIKV e MAYV
Aula 7: Quebra da barreira hemato-encefálica e encefalite causada por Flavivirus, Togavírus e Bunyavírus
Aula 8: Vacina e prevenção contra arbovírus
Aula 9: Tratamento e estrágeias terapêuticas contra arbovírus
Aula 10: Fechamento e avaliação. 
 
Bibliografia:
1- Fields Virology, 6th eddition. Authors: David M. Knipe and Peter Howley
2- Principles of Virology, 4th eddition. Authors: Flint Jane, Vincent R. Racaniello, Gleen F. Rall, and Anna Marie Skalka
3 - Clinical Virology, 3th eddition. Authors: Douglas D. Richman, Richard J. Whitley and Frederick G. Hayden
4- Cellular and Molecular Immunology. Authors: Abul Abbas Andrew H. Lichtman Shiv Pillai
5- Revisões e artigos escolhidos no momento da disciplina.

 


Consulte em http://www.ib.unicamp.br/pos/disc as disciplinas oferecidas por outros Programas de Pós-Graduação do IB.