Disciplinas oferecidas no 2º semestre de 2017

NG234 - SEMINÁRIOS DO CENTRO DE BIOLOGIA MOLECULAR E ENGENHARIA GENÉTICA-TURMA PA

Créditos: 2
Horário: Quintas-feiras 16 - 18H00
Local/Sala: Auditório Adilson Leite do CBMEG
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre a partir de 10/08/2017.
Vagas: 60
Mínimo de alunos: 06
Responsável: Paulo Arruda
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções 

Programa:

Os seminários são proferidos por palestrantes convidados da Unicamp ou de outras Instituições do país e do exterior sobre temas relacionadas ciências biológicas, genética, genômica. Alguns seminários abordarão também politica cientíca e filosofia da ciência.

Cronograma: 
Serão realizados 15 seminários sendo 1 por semana, todas as quintas feiras das 16 as 18h.

Bibliografia: 
Como biografia são sugeridos artigos científicos relacionados a cada tópico abordado pelos palestrantes

 

 

NG252 - GENÔMICA E BIOTECNOLOGIA – TURMA GAP

Créditos: 2
Horário: Quintas-feiras 8 - 10H00
Local/Sala: Sala de Reuniões do Laboratório de Genômica e Expressão, no prédio de Genômica e Proteômica, IB, térreo
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre
Vagas: 40
Mínimo de alunos: 20
Responsável: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções 

Programa:

A disciplina visa (1) apresentar os princípios técnicos e científicos de projetos genoma, apresentando também a visão estratégica de como os organismos pesquisados são selecionados; (2) atualizar os alunos em relação a todos os projetos genoma feitos até hoje; (3) apresentar os princípios envolvidos na obtenção de recursos para projetos; (4) apresentar o princípio de formação e funcionamento de empresas de biotecnologia, com a ligação com o capital de risco e a bolsa de valores.

Metodologia: Aulas teóricas cobrindo os princípios técnicos, seguidas por seminários sobre os projetos genoma já feitos até hoje, finalizado com aulas teóricas apresentando os princípios de gestão de PI, "funding" até a abertura de capital em bolsas de valores.

Cronograma:
As aulas serão ministradas às quintas-feiras das 08:00 às 10:00h, na sala de reuniões do Laboratório de Genômica e Expressão, no prédio de Genômica e Proteômica, Instituto de Biologia, térreo. Início em 03/08/2017.

Bibliografia:

Bibliografia Básica:

  • Brown, T. A.  2007. Genome. 3nd Edition, BIOS Scientific Publishers Ltda. UK.
  • Griffiths, A J.F., Miller J. H. Suzuki, D. T., Lewontin, R. C. and Gelbart, W. M. 2005. Introduction to Genetic Analysis. 8th Edition. W.H. Freeman Co. NY.
  • Griffiths, A J.F., Miller J. H. Suzuki, D. T., Lewontin, R. C. and Gelbart, W. M. 2002. Introdução à Genética. 7a Edição. Ed. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro
  • Lewin B, 2007 Genes IX, Oxford University Press, NY.
  • Gregory, T. R. 2005  The Evolution of the Genome, 1nd  Edition, Elsevier.
  • Essential Gene. 2006. First Edition, Pearson Education, Inc. Benjamin Lewin.

 
Bibliografia Eletrônica:

 
Bibliografia Inovação Tecnológica:

 

 

 

NG262 - GENÉTICA DE POPULAÇÕES – TURMA MIZ
Tema: Genética e Genômica de Populações

Créditos: 4
Horário: Segundas-feiras 09 - 15H00
Local/Sala: Sala de Aula do Barracão da Genética
Período de oferecimento: 2ª metade do 2º semestre a partir de 09/10/2017.
Vagas: 15
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Maria Imaculada Zucchi
Estudantes Especiais: Não aceita

Programa:

PARTE TEÓRICA

A disciplina tem como objetivo principal apresentar e discutir os fundamentos teóricos da Genética de Populações, suas aplicações para a Biologia da Conservação e para o Melhoramento de Plantas, e atual transição para Genômica Populacional e técnicas modernas de análise. Espera-se proporcionar aos alunos uma visão moderna dos mecanismos envolvidos na dinâmica dos genes nas populações naturais e artificiais, bem como das ferramentas atuais de análise destes processos. Do ponto de vista teórico, o conteúdo da disciplina abrange os seguintes tópicos: 1) Introdução à Genética de Populações; 2) Constituição genética de populações (frequências genotípicas e gênicas); 3) Marcadores moleculares e seu uso na análise genética de populações; 4) Equilíbrios genéticos, Hardy-Weinberg; 5) Equilíbrio de ligação; 6) Equilíbrio de Wright; 7) Sistemas reprodutivos e de cruzamento; 8) Deriva genética; 9) Estrutura genética de populações naturais e artificiais (estatísticas-F de Wright e correlatas); 10) Equilíbrio mutação-deriva; 11) Tamanho efetivo populacional; 12) Metodologias de sequenciamento de nova geração; 13) Genômica de populações; 14) Introdução à Biologia Computacional aplicada ao estudo de genômica populacional.

 

PARTE PRÁTICA

Utilização de programas computacionais em aulas práticas para estimação de parâmetros populacionais e análises especializadas com base em dados de marcadores moleculares de segunda e nova geração. Exemplos de programas computacionais a serem utilizados: PGDSpider, GenAlex, MLTRwin, Arlequin, Structure, DARwin, Bottleneck, Network, BioEdit, MEGA, rstudio.

Cronograma: 
outubro-dezembro

Bibliografia: 
* Allendorf, F.; Luikart G.; Aitken, S.N. Conservation and the Genetics of Populations. Blackwell Publishing, Oxford, UK, 2013. 602p.
Borém, A.; Caixeta, E. T. Marcadores Moleculares, Viçosa, MG, 2006, 374p.
Crow, F.; Kimura, M. An Introduction to Population Genetics Theory. Harper & Row Publishers, New York, NY, USA, 1970.
Falconer, D.S.; Mackay, T. Introduction to Quantitative Genetics. 4ª ed. Longman Scientific & Technical, London, UK, 1996.

* Frankhan. R.; Ballou J.D.; Briscoe, D.A. Fundamentos de Genética da Conservação, 2008. 262p.
* Futuyma, D.J. Evolutionary Biology. 3ª ed. Sinauer Associates, Sunderland, MA, USA, 2006. 763p.
Gillespie, J.H. Population Genetics: A Concise Guide. 2ª ed. Johns Hopkins University Press, Baltimore, MD, USA, 2004. 232p.
Hartl, D.L. A primer of Population Genetics. 3ª ed. Sinauer Associates, Sunderland, MA, USA, 2000. 221p.
* Hartl, D.L.; Clark, A.G. Princípios de Genética de Populações, 4ª ed. ArtMed Editora, Porto Alegre, RS, 2010. 660p.
* Hedrick, P.W. Genetics of Populations. 3ª ed. Jones and Bartlett Publishers, Sudbury, MA, USA, 2004. 737p.
Kempthorne, O. An Introduction to Genetic Statistics. The Iowa State University Press, Ames, IA, USA,1957.
Li, C.C. Population Genetics. University of Chicago Press, Chicago, IL, USA, 1955.
Mettler, L.E.; Gregg, T.G.; Schaffer, H.E. Genetics and Evolution. Prentice Hall, Eglewood Cliffs, NJ, USA, 1988.
Nei, M. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press, New York, NY, USA,1987. 512p.
Ridley, M. Evolução. 3ª ed. ArtMed Editora, Porto Alegre, RS, 2006. 752p.
Templeton, A.R. Population Genetics and Microevolutionary Theory. John Wiley & Sons, Hoboken, NJ, USA, 2006. 705p.
Weir, B.S. Genetics Date Analysis II: Methods for Discrete Population Genetic Data. Sinauer Associates, Sunderland, MA, USA, 1996. 376p.
* A cada aula serão recomendados, como leitura complementar, artigos selecionados de periódicos internacionais

 

 

NG279 - EMPREENDEDORISMO EM CIÊNCIAS DA VIDA – TURMA MMT   ( CANCELADA )

Créditos: 3
Horário: Terças-feiras 9 - 12H00
Local/Sala: ( a definir )
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre ( CANCELADA )
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 15
Responsável: Marcelo Menossi Teixeira
Colaborador: Bread Leandro Gomes da Cruz
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções 

Programa: 
Ementa: O empreendedorismo como uma opção para profissionais na área de ciências da vida. As características do empreendedor, exemplos de empresas na área de biológicas, riscos associados aos negócios. Canvas – Business Model Generation. Técnicas de geração de ideias de novos negócios, relacionamento com clientes, proposições de valor, canais, fluxo de receita, recursos chave, parcerias, estrutura de custos. Desenvolvimento de negocio a ser testado em condições reais. Criação de negocio envolvendo empresa de base tecnológica. Técnicas de apresentação (pitch).

Objetivo: Despertar a capacidade de criar novos negócios de base tecnológica através da exposição a uma experiência real de empreendedorismo.

Avaliação: Os conceitos serão calculados em função da participação nas atividades de grupo, de acordo com os seguintes critérios:

Média -Conceito
7  a 10 - A - Excelente
6 a  6,9 - B - Bom
5,0  a 5,9 - C - Regular
Menor que 5,0 - D - Insuficiente
Abandono - E - Abandono

Cronograma: 
Aula/DataAssuntoDescrição
1  (01/08/2017) Apresentação do curso e Introdução ao empreendedorismo (0,5 hora) Apresentar o que será abordado durante o semestre para os alunos e esclarecer dúvidas. Perfil e características do empreendedor, opção de carreira na área biológica, exemplos de empreendedores, riscos.
Modelos de negócio e planos de negócio (0,5h)
Canvas - Business Model Generation (BMG) – Introdução (2h)Apresentar diferentes modelos e planos de negócios existentes, juntamente com suas características. Introdução ao modelo de negócio que será usado durante a disciplina: Canvas - Business Model Generation
2 (08/08/2017) Técnicas de criatividade e geração de ideias (1h)Expor diferentes técnicas usadas atualmente em empresas para geração de ideias e estímulo de criatividade.
Prática: Geração de ideias para criação de novo negócio (2h)Os alunos em grupos usarão uma das técnicas de geração de ideia para criar um novo negócio.
3 (15/08/2017) BMG – Bloco 1: Clientes
BMG – Bloco 2: Proposições de valor
BMG – Bloco 3: Canais 1h)Exposição mais detalhada dos três primeiros blocos que compõe o Canvas-BMG.
Prática - Início dos trabalhos em grupo e desenvolvimento dos 3 primeiros blocos do BMG (2h)Os grupos de alunos iniciarão os trabalhos com o Canvas-BMG para desenvolver a ideia de negócio que escolheram.
4 (22/08/2017) BMG – Bloco 4: Relacionamento com cliente
BMG – Bloco 5: Fluxo de receita
BMG – Bloco 6: Recursos Chave (1h)
Técnicas de pitchingExposição mais detalhada dos blocos que compõe o Canvas-BMG.
 
Prática – Desenvolvendo os blocos do BMG (2h)Os grupos continuarão os trabalhos com o Canvas-BMG.
5 (29/08/2017) BMG – Bloco 7: Atividades Chave
BMG – Bloco 8: Parceiros Chave
BMG – Bloco 9: Estrutura de custos (1h)Exposição mais detalhada dos 3 blocos finais que compõe o Canvas-BMG.
Prática: Conclusão do modelo de negócio (2h)Os grupos irão concluir a construção do Canvas-BMG com sua ideia de negócio.
6 (27/09/2017) Organização interna dos grupos para alinhamento das ações de negócio
Os grupos deverão se organizar para colocar seu modelo de negócio em funcionamento. O objetivo é que obtenham lucro com a atividade. Para isso receberão uma quantia em dinheiro que servirá de investimento para viabilizar a criação do negócio.
7 (05/09/2017) Trabalhando com a realidade. Colocar o modelo a prova em uma situação real – Preparação (3h)Discussão para finalizar o modelo de negócio real.
(11/09/2017) Rodada de vendas e captação de investidores
(12h30-13h45 e 17h30-18h45)
Atividade fora do horário regular da disciplina
8 (19/09/2017) Avaliação da rodada de vendas e investimentos
9 (26/09/2017) Empresas de Base Tecnológica (1h30)Apresentar o conceito de empresas de base tecnológica juntamente com exemplos nacionais e da região sobre esse modelo de negócio.
Palestra – Proprietário de Empresa de Base Tecnológica (1h30)Palestra sobre experiência real de criação de empresa de base tecnológica
10 (03/10/2017) Palestra - Banco de patentes (1h) 
Prática – Geração de ideias para possíveis negócios de base tecnológica (2h)Os alunos em grupos usarão alguma técnica de geração de ideias para criação de negócios de base tecnológica.
11 (10/10/2017) Análise e discussão dos resultados obtidos pelos grupos em seus negócios (3h)Apuração das perdas ou lucros que os grupos obtiveram na atividade anterior. Discussão dos resultados obtidos. Feedback dos grupos sobre as dificuldades encontradas.
12 (17/10/2017) Identificação e escolha de negócio com base tecnológica (2h)Dentre as ideias surgidas na prática anterior os grupos deverão identificar e escolher um negócio com qual irão criar Canvas-BMG.
Prática – Criação do BMG para negócio de base tecnológica (1h)Início da criação do Canvas-BMG em grupo.
13 (24/10/2017)
Palestra - Fundos de investimento para empresas de base tecnológica (1h30)Palestra detalhando as oportunidades de obtenção de recursos.
Prática – Desenvolvimento do BMG (1h30) Continuação do desenvolvimento do Canvas-BMG em grupo.
14 (31/10/2017) Conclusão do BMG e preparação para apresentação final (3h)
 Término do Canvas-BMG e preparação para a apresentação final (Pitch) do modelo de negócio.
15 (07/11/2017) Apresentação dos Planos de Negócio (3h)Os grupos apresentarão suas ideias de negócios em um evento para uma banc

Bibliografia
- Business Model Generation - Inovação em Modelos de Negócios. Alexander Osterwalder. I.S.B.N. 9788576085508. Alta Books. 2011.
- Vídeos e matérias avulsas indicadas pelos professores.

 

 

NG280 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM I – TURMA MAM  ( CANCELADA )
Tema: Metabolismo e Envelhecimento

Créditos: 1
Horário: Terças-feiras 9 - 10H00
Local/Sala: a definir
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre ( CANCELADA )
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 6
Responsável: Marcelo Alves da Silva Mori
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções 

Programa: 
Esta disciplina será ministrada no formato de "Journal Club", onde em cada semana um participante escolherá um artigo no tema da disciplina e o apresentará.   

Cronograma: 
Semanal - Terças das 9:00h às 10:00h.

Bibliografia: 
Artigos científicos selecionados pelos alunos.

 

 

NG280 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM I – TURMA CEB
Tema: Produção e análise molecular de proteínas recombinantes

Créditos: 1
Horário: Quartas-feiras 14 - 15H00
Local/Sala: IB-10
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre a partir de 02/08/2017.
Vagas: 30

Mínimo de alunos: 2
Responsável: Celso Eduardo Benedetti
Colaboradora: Andrea Balan Fernandes
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:

O curso abordará aspectos básicos de biologia molecular com ênfase nas técnicas de clonagem, expressão e purificação de proteínas em sistemas heterólogos. Temas a serem abordados incluem: desenho de oligonucleotideos, estratégias de clonagem para expressão de proteínas em bactérias, células de mamíferos, insetos, leveduras e plantas; expressão de proteínas de membrana, sistema de mono e duplo híbrido, análise de expressão gênica em larga escala, estratégias de purificação de proteínas, purificação de proteínas de membrana e análise de complexos, mutagênese sítio-dirigida, com ênfase na análise estrutural e funcional de proteínas.

Cronograma: 
02/08 Introdução e estratégias de clonagem

Overview do curso; Estratégias de clonagem e expressão de proteínas
Exercício 1: síntese de óligos p/ clonagem em vetor de expressão

09/08 Expressão em procariotos (E. coli)
Sistema pET e resolução do exercício 1 de síntese de óligos

16/08 Sistema Gateway de clonagem
Sistema Gateway e exercício 2 de síntese de óligos

23/08 Bioinformática no estudo de proteínas de membrana
Métodos para a análise de sequências e avaliação de estratégias

30/08 Expressão de proteínas de membrana
Sistemas de expressão, células, complexos proteicos

06/09 Mutagênese sítio-dirigida
Mutagênese sítio-dirigida e exercício 3 de síntese de óligos

13/09 Expressão em células de inseto 
Sistema baculovirus e resolução exercício 3 de síntese de óligos

20/09 Expressão em levedura 
Expressão e análise funcional de proteínas

27/09 Expressão em células humanas 
Expressão em células humanas

04/10 Purificação de proteínas 
Afinidade, Gel filtração, Troca iônica, Interação hidrofóbica

11/10 Purificação de proteínas de membrana 
Alunos trarão desafios ou problemas de clonagem, expressão, purificação e caracterização de proteínas de seus projetos

18/10 Técnicas espectroscópicas
Técnicas espectroscópicas de análise de proteínas

25/10 Cristalização de proteínas de membrana 
Alunos trarão desafios ou problemas de clonagem, expressão, purificação e caracterização de proteínas de seus projetos

01/11 Interação proteína-proteína 
Duplo hibrido, mono híbrido, GST-pulldown, IP, etc

08/11 Estudos funcionais e estruturais de proteínas de membrana
Racional, metodologias e exemplos

22/11 Apresentação dos alunos sobre estratégias de clonagem, expressão e purificação de proteínas.  

29/11 Avaliação dos alunos e do curso

Bibliografia:

Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Fourth Edition): Three-volume set 4th Edition by Michael R. Green (Author), Joseph Sambrook (Author)

 

 

NG281 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM II – TURMA MMT
Tema: Excelência no ensino

Créditos: 2
Horário: Segundas-feiras 10 - 12H00
Local/Sala: IB-05
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre a partir de 31/07/2017.
Vagas: 50
Mínimo de alunos: 20
Responsável: Marcelo Menossi Teixeira
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções 

Programa:

A disciplina tem como objetivo ampliar a capacidade de ensino de nossos pós-graduandos. Para tal, professores e professoras homenageados pelos alunos do curso de ciências biológicas da UNICAMP apresentarão suas experiências didáticas. A cada aula um docente fará uma exposição detalhada sobre como ministrou as aulas, sua interação com a turma, etc. Ao final, espera-se que os alunos tenham uma visão bastante ampla das várias formas que um docente pode transmitir o conhecimento e causar um impacto que vai muito além do conteúdo

Cronograma: 
31/07/17 Miguel Arcanjo Areas 
07/08/17 Fabio Papes
14/08/17 Rafael Oliveira
21/08/17 Louis Bernard
28/08/17 Avaliação de metade do curso
04/09/17 Conversa com alunos de graduação Diurno
11/09/17 Wesley da Silva
18/09/17 Claudio Werneck
25/09/17 Sandra Carmello Guerreiro
02/10/17
09/10/17 Conversa com alunos de graduação Noturno
16/10/17 Discussão geral
23/10/17 Como preparar slides
30/10/17 Apresentação alunos
06/11/17 Apresentação alunos

Bibliografia: 
Textos fornecidos pelos docentes.

 

 

NG282 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM III – TURMA MMB
Tema: Bioinformática e Biologia Computacional aplicadas a análise de dados
Biológicos massivos (Teoria e prática)

Obs.: Este curso surgiu da necessidade apresentada pelos alunos para análise de dados de NGS. O curso será do tipo “hands on” utilizando toda a infraestrutura de servidores do Laboratório de Biologia Integrativa e Sistema do CBMEG. Assim,o curso tem os seguintes objetivos: 1. Mostrar aos alunos como a Computação tem ajudado na exploração de dados biológicos; 2. Introduzir o conceito de lógica de programação aplicada a análise de dados moleculares; 3. Habilitar o aluno a utilizar ferramentas computacionais modernas para propor uma montagem de transcriptomas de novo ou baseada em modelos disponíveis; 4. Capacitar o aluno a utilizar as facilidades do sistema GNU/LINUX a seu favor, ajudando-o a responder perguntas biológicas, bem como, levantar novas hipóteses a serem testadas

Créditos: 3
Horário: Terças-feiras 9 - 12H00 / Quartas-feiras 9 - 12H00
Local/Sala: IB-11 às Terças-feiras e IB-05 as Quartas-feiras
Período de oferecimento: 2ª metade do 2º semestre a partir de 10/10/2017.
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Marcelo Mendes Brandão
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções 

Programa: 
1.    Histórico da bioinformática;
2.    Tecnologia de Informação aplicada à Biologia (BioTI)
a.    Introdução ao uso do sistema operacional GNU/LINUX (Como usar o Linux ao seu favor);
b.    Uso de gerenciadores de fila de execução de trabalhos computacionais;
c.    Controle de versão através do GIT;
3.    Biologia Molecular (Sequenciamento de nova geração)
a.    O quê é sequenciamento de nova geração?
b.    Conceito de qualidade de bases ligado à técnicas de sequenciamento;
c.    Como checar a qualidade do meu sequenciamento?
4.    Biologia Computacional
a.    Técnicas de montagem de transcriptomas de novo;
b.    Técnicas de mapeamento de leituras de sequenciamento em referencias moleculares (Genoma e transcriptoma);
c.    Análise de expressão diferencial por RSEM e edgeR;
d.    Uso de metadados para anotação de sequencias;
 
Cronograma: 
Semanas 1 – 2: Nivelamento: Sistemas operacionais, usando o Linux para resolver problemas
Nivelamento: Histórico da Bioinformática. Técnicas de lógica e programação simples para uso em Biologia computacional
Semanas 3 – 4: Biologia Molecular: Dogma central e sistema de sequenciamentos de nova geração. Base calling e Qualidade de sequenciamento.
Semanas 5 – 8: Biologia Computacional Teoria e prática: Técnicas de montagem baseadas em modelos e de novo. Uso de mapeamento de leituras de sequenciamento e métodos estatísticos para proposição de expressão diferencial de genes e contigs.
Semanas 9 – 10: Biologia Computacional: Análise de metadados para anotação funcional de sequencias. Técnicas de Big data para identificação de alvos de interesse.

Bibliografia: 
Buchfink B, Xie C, Huson DH. 2015. Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND. Nat Methods 12(1): 59-60.
Calvo B, Larranaga P, Lozano JA. 2007. Learning Bayesian classifiers from positive and unlabeled examples. Pattern Recognition Letters 28(16): 2375-2384.
Chevreux B, Pfisterer T, Drescher B, Driesel AJ, Muller WE, Wetter T, Suhai S. 2004. Using the miraEST assembler for reliable and automated mRNA transcript assembly and SNP detection in sequenced ESTs. Genome Res 14(6): 1147-1159.
Clarke K, Yang Y, Marsh R, Xie L, Zhang KK. 2013. Comparative analysis of de novo transcriptome assembly. Sci China Life Sci 56(2): 156-162.
Dean J, Ghemawat S 2004. MapReduce: simplified data processing on large clusters.In. Proceedings of the 6th conference on Symposium on Opearting Systems Design & Implementation - Volume 6. San Francisco, CA: USENIX Association. 10-10.
Eddy SR. 2011. Accelerated Profile HMM Searches. PLoS Comput Biol 7(10): e1002195.
Finn RD, Bateman A, Clements J, Coggill P, Eberhardt RY, Eddy SR, Heger A, Hetherington K, Holm L, Mistry J, Sonnhammer EL, Tate J, Punta M. 2014. Pfam: the protein families database. Nucleic acids research 42(Database issue): D222-230.
Fu L, Niu B, Zhu Z, Wu S, Li W. 2012. CD-HIT: accelerated for clustering the next-generation sequencing data. Bioinformatics 28(23): 3150-3152.
Grabherr MG, Haas BJ, Yassour M, Levin JZ, Thompson DA, Amit I, Adiconis X, Fan L, Raychowdhury R, Zeng Q, Chen Z, Mauceli E, Hacohen N, Gnirke A, Rhind N, di Palma F, Birren BW, Nusbaum C, Lindblad-Toh K, Friedman N, Regev A. 2011. Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nat Biotechnol 29(7): 644-652.

 

 

NG283 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM IV – TURMA MIZ
Tema: Construção de Bibliotecas GBS (Genotyping By Sequencing) visando a descoberta de SNPs

Créditos: 4
Horário: Segundas-feiras 8 - 16H00
Local/Sala: IB-10
Período de oferecimento: 1ª metade do 2º semestre a partir de 28/08/2017.
Vagas: 10
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Maria Imaculada Zucchi
Colaboradores: Anete Pereira de Souza 
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:

The goal of this workshop is to learn step-by-step how to prepare libraries for Genoytping-By-Sequencing (GBS). By the end of the course, the students should be able to 1) Describe the necessary steps to prepare libraries for GBS, 2) Assess the quality of DNA libraries digested with different restriction enzymes, and 3) Prepare a GBS library to be send for Illumina sequencing. We will also discuss some of the possible applications of GBS generated data for studies for population genomics.4) We will show approaches for data filtering and identification of SNP markers.

Restrição AA200: Os alunos inscritos deverão previamente passar por entrevistas para serem aceitos
 
Cronograma: 

Bibliografia: 

Elshire, R. J., Glaubitz, J. C., Sun, Q., Poland, J. A., Kawamoto, K., Buckler, E. S., & Mitchell, S. E. (2011). A robust, simple genotyping-by-sequencing (GBS) approach for high diversity species. PloS one6(5), e19379.

Poland, J., Brown, P.J., Sorrells, M.E., Jannink, J.C. (2012). Development of high-density genetic maps for Barley and Wheat using a novel two-enzyme genotyping-by-sequencing approach. PLoS One, 7(2).

 

 

NG292 - CICLO DE SEMINÁRIOS EM BIOLOGIA MOLECULAR E CELULAR – TURMA PMV

Créditos: 4
Horário: Quartas-feiras 12 - 14H00
Local/Sala: IB-01
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre a partir de 02/08/2017
Vagas: 60
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Pedro Manoel Mendes de Moraes VieiraColaboradores:
Alessandro dos Santos Farias, Marcelo Alves da Silva Mori, Henrique Marques Barbosa de Souza, Daniel Martins de Souza e André Ricardo de Lima Damasio.
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:

Palestras ministradas por pesquisadores convidados abrangendo sua linha de pesquisa. Os tópicos apresentados irão abranger diversas áreas de conhecimento, dentre elas biologia molecular, biologia celular, bioquímica, microbiologia, genética, imunologia, parasitologia, bioinformática, fisiologia, dentre outras. Objetivo: oferecer ao aluno uma visão geral da ciência nessas diferentes áreas.

Cronograma: 
Palestras ministradas por pesquisadores convidados semanalmente. 

Bibliografia: 
Artigos científicos relacionados aos temas das palestras listadas no programa semestral da disciplina.

 

 

NI206 - IMUNOLOGIA CELULAR – TURMA PMV

Créditos: 5
Horário: Terças-feiras 8 - 12H00
Local/Sala: IB-10
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre a partir de 01/08/2017.
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Pedro Manoel Mendes de Moraes Vieira
Colaborador: Denise Morais da Fonseca
Estudantes especiais: Não aceita

Programa:

Esta disciplina tem por objetivo abordar tópicos relacionados com a imunologia de mucosa e imunometabolismo. Serão estudados os seguintes temas: estrutura e função do sistema imune de mucosa, interação microbiota-hospedeiro, mecanismos de tolerância, Imunidade à patógenos e vacinas, imunometabolismo do sistema imune adaptativo e inato, adipocinas, metabolismo sistêmico na regulação imunometabólica, imunorregulação em tecidos metabolicamente chaves (tecido adiposo, fígado, músculo), inflamação e resistência a insulina. A cada aula os alunos, previamente selecionados, apresentarão seminários seguido de discussão dirigida sobre o tema.

Cronograma: 
1- Introdução
Bloco imunologia de mucosa
2 - Estrutura e função do sistema imune de mucosa
3 - Interação microbiota-hospedeiro
4 - Mecanismos de tolerância
5 - Imunidade à patógenos e vacinas
Bloco Imunometabolismo
6 - Imunometabolismo no sistema imune inato
7 - Imunometabolismo no sistema imune adaptativo
8 - Adipocinas
9 - Metabolismo sistêmico na regulação imunometabólica
10 - Imunorregulação em tecidos metabolicamente chaves (tecido adiposo, fígado, músculo)
11 - Inflamação e resistência a insulina

Bibliografia: 
Artigos de periódicos na área de imunologia, imunologia de mucosa e metabolismo.
William Paul, Fundamental immunlogy Seventh Edition

 

 

NI211 - PANORAMA DA IMUNOLOGIA BÁSICA - LV

Créditos: 3
Horário: Terças-feiras 14 - 16H00
Local/Sala: IB-05
Período de oferecimento: Todo o 2º semestre a partir de 15/08/2017.
Vagas: 10
Mínimo de alunos: 4
Responsável: Liana Verinaud
Estudantes especiais: Não aceita

Programa: 

A disciplina visa a abordagem de conteúdos de imunologia básica para a compreensão dos mecanismos fundamentais do desenvolvimento, funcionamento e regulação do sistema imunológico e sua inter-relação com outros sistemas fisiológicos, com o objetivo de aprofundar os conceitos de Imunologia básica com ênfase em: resposta imune inata, resposta imune adaptativa, sistema imune de mucosas, regulação do sistema imune, o sistema imune na saúde e na doença (doenças infecciosas, tumores, transplantação, imunodeficiências). O conteúdo deste módulo será tratado de forma expositiva mediante aulas teóricas ministradas e apresentação de seminários pelos alunos matriculados na disciplina.

Aulas propostas:

  • Antígenos e seus receptores
  • A resposta imune inata
  • A resposta imune adaptativa
  • O complexo maior de histocompatibilidade e a apresentação de antígenos
  • Organização e expressão de genes de imunoglobulinas e de receptores de antígeno das células T
  • Migração de leucócitos para os tecidos
  • Imunidade mediada por células T: células apresentadoras de antígeno e ativação de células T
  • Resposta imune humoral: Ativação de células B e produção de anticorpos
  • Mecanismos efetores da imunidade humoral
  • Mecanismos efetores da imunidade celular
  • O Sistema Imune de Mucosa e Pele
  • Regulação da Resposta Imune
  • Tolerância e doenças autoimunes
  •  Alergias e Hipersensibilidades

 
Cronograma: 
15/08 – INICIO DO CURSO / APRESENTAÇÃO
22/08 – Antígenos e seus receptores / SEMINÁRIO 1
29/08 – A resposta imune inata / SEMINÁRIO 2
05/09 - A resposta imune adaptativa / SEMINÁRIO 3
12/09 – O complexo maior de histocompatibilidade e a apresentação de antígenos / SEMINÁRIO 4
19/09 – Organização e expressão de genes de imunoglobulinas e de receptores de antígeno das células / SEMINÁRIO 5
26/09 – Migração de leucócitos para os tecidos / SEMINÁRIO 6
03/10 – Imunidade mediada por células T: células apresentadoras de antígeno e ativação de células T // SEMINÁRIO 7
10/10 - Resposta imune humoral: Ativação de células B e produção de anticorpos // SEMINÁRIO 8
17/10 – Mecanismos efetores da imunidade humoral / SEMINÁRIO 9
24/10– Mecanismos efetores da imunidade celular / SEMINÁRIO 10
31/10– O Sistema Imune de Mucosa  e Pele / SEMINÁRIO 11
07/11 – Regulação da Resposta Imune / SEMINÁRIO 12
14/11 - Tolerância e doenças autoimunes / SEMINÁRIO 13
21/11 – Alergias e Hipersensibilidades /  SEMINÁRIO 14
 
Bibliografia: 
BIBLIOGRAFIA BÁSICA:

1. Cellular and Molecular Immunology. 8ª Ed. Abbas, Abul K.; Lichtman, Andrew H.; Pillai, Shiv. / Editora: Elsevier.
2. Imunobiologia. 7ª Ed Janeway, Charles A.; Travers, Paul; Walport, Mark et al. / Editora: Artmed. 
3. Imunologia Médica. 10ª Ed. Terr, Abba I.; Stites, Daniel P.; Parslow, Tristam G.; Imboden John B. / Editora: Guanabara Koogan. 
 
BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTAR:
1. O Sistema Imune. 3ª Ed. Peter Parham / Editora: Artmed.
2. Fundamental Immunology. 7ª Ed.  William E. Paul.
3. Estudos de casos em Imunologia. 3ª Ed. Fred Rosen & Raif Geha / Editora: Artmed. 
 
INDICAÇÕES DE LEITURAS:
Artigos científicos publicados nos periódicos:
1. Nature Immunology Reviewswww.nature.com/ni/
2. Journal of Immunologywww.jimmunol.org
3. European Journal of Immunologyhttp://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1002/(ISSN)1521-4141