Disciplinas - 1º Semestre/2019

NG269 - ECOLOGIA E METAGENÔMICA MICROBIANA – TURMA VMM

 

Créditos: 3
Horário: Quintas-feiras  das  09:00  às  12:00 - INICIO DAS AULA 28/02/2019
Local/Sala: IB5, Prédio da CPG-IB, Bloco O, 1o. andar
Período de oferecimento: Todo o 1º semestre (de 25/02/2019 a 29/06/2019)
Vagas: 25
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Valeria Maia Merzel
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

 

PROGRAMA:

  1. Introdução à ecologia microbiana
  2. Interações microbianas e os Ciclos biogeoquímicos
  3. Introdução à Taxonomia Microbiana
  4. Biofilmes Microbianos / Fatores abióticos na determinação de comunidades microbianas
  5. Caracterização de comunidades microbianas complexas: métodos independentes de cultivo
  • Conceitos de ecologia aplicados aos micro-organismos: polêmica
  • Extração e purificação de DNA a partir de amostras ambientais
  • Bibliotecas genicas; Hibridização in situ (FISH); microarrays; Métodos de Fingerprinting (T-RFLP; SSCP; DGGE/TGGE)
  • 16S amplicon sequencing
  • Análise estatística da diversidade microbiana (uso de ferramentas estatisticas)

6. Conhecimento e exploração da diversidade microbiana não cultivada: metagenômica funcional

  • Metagenomica: Conceitos
  • Metagenoma microbiano: fonte para novos produtos naturais
  • Extração de DNA de alto peso
  • Vetores utilizados (BAC, cosmídeo, fosmídeo)
  • Screening de bibliotecas metagenomicas: atividade biológica versus similaridade de sequencia; aplicação de métodos de screening de alto processamento
  • Enriquecimento para genomas específicos
  • Produtos resultantes de bibliotecas metagenômicas

7. Metagenômica Descritiva e Metaproteômica Ambiental

  • Plataformas de Sequenciamento de Segunda Geração
  • Plataformas de análise de dados metagenômicos

8. Novas abordagens e tendências para estudo da diversidade funcional de organismos não-cultivados

  • Stable isotope probing (SIP) e FISH-MAR

 

CRONOGRAMA:  Em elaboração

 

BIBLIOGRAFIA:

  1. MADIGAN, M.T.; MARTINKO, J.M.; DUNLAP, P.V.; CLARK, D.P.(eds) Microbiologia de Brock. 12.ed., Porto Alegre: Artmed, 2010. 1160 p.
  2. PEPPER, CHARLES P. GERBA, TERRY J. GENTRY. (eds) Environmental Microbiology. Third Edition. Elsevier. 2014. 728 pp.
  3. WEN-TSO LIU, JANET K. JANSSON (eds). Environmental Molecular Microbiology. Caister Academic Press. 2010. 231 pp.
  4. LESLEY A. OGILVIE; PENNY R. HIRSCH (eds). Microbial Ecological Theory: Current Perspectives. Caister Academic Press. 112 pp.

 

NG282 - TÓPICOS AVANÇADOS DO PPG-GBM III – TURMA MMB - TURMA LOTADA

Tema: Prática para análise de dados de sequenciamento massivo por métodos de Biologia Computacional

Créditos: 3
Horário: Segundas-feiras e Quartas-feiras   das 14:00  às  17:00 - INICIO DAS AULAS 06/05/2019
Local/Sala: Auditório do CBMEG
Período de oferecimento: 2ª metade do 1º semestre (de 06/05/2019 a 29/06/2019)
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Marcelo Mendes Brandão
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

 

EMENTA:
O advento das tecnologias de sequenciamento de alto desempenho, também conhecido como de nova geração, ocasionou a possibilidade de obtenção de um grande volume de dados biológicos, com efeitos diretos no estudo que questões ligadas ao dogma central da Biologia Molecular. Assim, as propostas atuais de projetos de pesquisa, passaram a incorporar questões mais complexas, com traveses mais preditivos, descritivos e agrupando informações de diferentes fontes de dados moleculares para o estudo dos sistemas e componentes biológicos envolvidos no projeto proposto.

Esta revolução na aquisição de dados está sendo acompanhada de perto pela Biologia Computacional e Bioinformática, com o desenvolvimento de novas ferramentas estatísticas, matemáticas e computacionais capazes de lidar com esses grandes volumes de dados e a correlação destes com diferentes bancos de dados biológicos. Esta disciplina visa apresentar aos estudantes abordagens práticas de Biologia Computacional e Bioinformática capacitando-os para análise qualitativa dos arquivos de sequenciamentos, proposição de montagens de transcritos de novo ou baseada em modelos genômicos disponíveis, avaliação da expressão diferencial de genes/contigs entre situações diversas e anotação funcional dos transcritos envolvidos na análise.

Adicionalmente, capacitar ou atualizar os alunos na utilização de ferramentas disponíveis no sistema operacional GNU/LINUX para a execução de todas as metodologias apresentadas durante o curso.

 

PÚBLICO ALVO:

  1. Alunos de pós-graduação de áreas afins aos tópicos cobertos pelo curso.
  2. Pós doutorandos com interesses ligados às abordagens analíticas apresentadas no curso

 

PROGRAMA:

  1. Histórico da bioinformática;
  2. Tecnologia de Informação aplicada à Biologia (BioTI)
    1. Introdução ao uso do sistema operacional GNU/LINUX (Como usar o Linux ao seu favor);
    2. Uso de gerenciadores de fila de execução de trabalhos computacionais;
    3. Utilização de DOCKER para distribuição e execução dos sistemas de análise de dados;
    4. Controle de versão através do GIT;
  3. Biologia Molecular (Sequenciamento de nova geração)
    1. O quê é sequenciamento de nova geração?
    2. Conceito de qualidade de bases ligado à técnicas de sequenciamento;
    3. Como checar a qualidade do meu sequenciamento?
  4. Biologia Computacional
    1. Técnicas de montagem de transcriptomas e genomas de novo;
    2. Técnicas de mapeamento de leituras de sequenciamento em referências moleculares (Genoma e transcriptoma);
    3. Análise de expressão diferencial por RSEM e edgeR;
    4. Uso de metadados para anotação de sequências;


CRONOGRAMA:

Semanas 1 – 2: Nivelamento: Sistemas operacionais, usando o Linux para resolver problemas

Nivelamento: Histórico da Bioinformática. Técnicas de lógica e programação simples para uso em Biologia computacional

Semanas 3 – 4: Biologia Molecular: Dogma central e sistema de sequenciamentos de nova geração. Base calling e Qualidade de sequenciamento.

Semanas 4 – 6: Biologia Computacional Teoria e prática: Técnicas de montagem baseadas em modelos e de novo. Uso de mapeamento de leituras de sequenciamento e métodos estatísticos para proposição de expressão diferencial de genes e contigs.

Semanas 7 – 8: Biologia Computacional: Análise de metadados para anotação funcional de sequencias. Técnicas de Big data para identificação de alvos de interesse.

 

BIBLIOGRAFIA:  A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina.

 

NG284 - GENÔMICA E BIOLOGIA MOLECULAR VEGETAL – TURMA JMM

Créditos: 4
Horário: Sextas-feiras   das  14:00  às  16:00 - INICIO DAS AULAS 08/03/2019
Local/Sala: IB-06, Prédio da CPG-IB, bloco O, 1o. andar
Período de oferecimento: Todo o 1º semestre (de 25/02/2019 a 29/06/2019)
Vagas: 12
Mínimo de alunos: 06
Responsável: Jorge Mauricio Costa Mondego
Estudantes especiais: Não aceita

 

PROGRAMA:

Essa disciplina tem como objetivo estudar genômica vegetal e mecanismos de regulação da expressão gênica em vegetais durante seu desenvolvimento e em resposta a estresses ambientais e em interações benéficas com microrganismos. Tópicos principais: Genomas vegetais e plasticidade genômica (transposons, poliploidia); Regulação da expressão gênica (Transdução de sinal, regulação basal e induzida, epigenética, metilação, histonas e pequenos RNAs); Desenvolvimento vegetal (Fitohormônios e genética do desenvolvimento); Interações bióticas (interação planta-patógeno; interação planta-herbívoro; rizobactérias promotoras de crescimento, filosfera, etc.); Estresse abiótico vegetal; Genética Funcional.


CRONOGRAMA:
25/02/2019 a 29/06/2019

 

BIBLIOGRAFIA:

Agrios JN. 2995. Plant Pathology. 5th edition. London; Elsevier Academic Press.

Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. 2002. Molecular Biology of the Cell. 4th edition. New York: Garland Science;

Brown, T.A. 2002. Genomes. Oxford: Wiley-Liss. ISBN-10: 0-471-25046-5.

Buchanan B, Gruissem W, Jones R (Editors) 2000. Biochemistry & Molecular Biology of Plants. Maryland, ASPP.

Glick BR, Pasternak JJ, Patten CL (Authors) 2009. Molecular Biotechnology: Principles and Applications of Recombinant DNA ASM Press; 4th edition

Krebs JE, Goldstein ES, Kilpatrick ST (Authors). 2009. Lewin's GENES X. Jones & Bartlett Learning; 10 edition

Lesk AM 2002. Introduction to bioinformatics. Oxford [Oxfordshire]: Oxford University Press. ISBN 0-19-925196-7

Lesk AM 2007. Introduction to genomics. Oxford [Oxfordshire]: Oxford University Press. ISBN 0-19-929695-2.

Nelson D, Cox M. 2008 Principles of Biochemistry (Lehninger). Freeman; 5th edition.

 

NG291 - BIOLOGIA DO ENVELHECIMENTO – TURMA MAM

Obs.: A disciplina será ministrada em inglês

 

Créditos: 2
Horário: Sextas-feiras   das  09:00  às  10:00 - INICIO DAS AULAS 01/03/2019
Local/Sala: IB-05, Prédio da CPG-IB, 1o. andar
Período de oferecimento:  Todo o 1º semestre (de 01/03/2019 a 21/06/2019)
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 5
Responsável: Marcelo Alves da Silva Mori
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções
 

PROGRAMA/CRONOGRAMA:
Day Topic

01/mar Introduction to Biology of Aging and Hallmarks of Aging
08/mar Aging across the evolutionary spectrum
15/mar Genetics of aging
22/mar Genomic instability
29/mar Telomere attrition
05/abr Epigenetics of aging
12/abr Loss of proteostasis
19/abr Deregulated nutrient sensing
26/abr Mitochondrial dysfunction
03/mai Cellular senescence
10/mai Stem cell exhaustion
17/mai Free time
24/mai Altered intercellular communication
31/mai Free time
07/jun The impact of the microbiota on aging
14/jun The impact of the circadian rhythm on aging
21/jun Discussion: new therapies to delay aging

 

BIBLIOGRAFIA:

Básica: Artigos científicos a serem propostos no ato da divulgação do conteúdo programático e 1) Kaeberlein, M. & Martin, G. The Handbook of the Biology of Aging. 8th Edition, Elsevier, 2015 (ISBN: 978-0- 12-411596-5). 2) Arking, R. Biology of Aging: Observations and Principles. Oxford University Press. 2006 (ISBN: 0195167392). 3) McDonald, R. Biology of Aging. Ed. Taylor & Francis, 2013 (ISBN: 0815342136). 4) Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K. & Walter, P. Biologia Molecular da Célula. 5ª edição, Ed. Artmed, 2009 (ISBN 9788536320663). 5) Nelson, D., Lehninger, A & Cox, M. Principles of Biochemistry. 5th Edition, W. H. Freeman, 2008 (ISBN: 071677108X). 6) Gilbert, S.F. Developmental Biology. 10th ed. Ed. Sinauer, 2013 (ISBN: 978-087893978-7).

Referências Complementares: 1) Masoro, E.J. Caloric Restriction: A Key to Understanding and Modulating Aging, Elsevier, 2002 (ISBN: 978-0- 444-51162-1). 2) Bittar, E. Stem Cells: A Cellular Fountain of Youth. Elsevier, 2002 (ISBN: 978-0-444-50731-0). 3) Hagen, T. Mechanisms of Cardiovascular Aging. Elsevier, 2002 (ISBN: 978-0-444-51159-1). 4) Hof, P & Mobbs, C. Functional Neurobiology of Aging, Elsevier, 2000 (ISBN: 978-0-12-351830-9). 5) Austad, S. Why We Age: What Science Is Discovering about the Body's Journey Through Life. 1st Edition. John Wiley & Sons, 1999 (ISBN-13: 978-0471296461). 6) Wormbook. The C. elegans Research Community. 2005 (ISSN: 1551-8507). 7) López-Otín C e cols. The hallmarks of aging. Cell. 2013 Jun 6;153(6):1194-217. doi: 10.1016/j.cell.2013.05.039.

 

NM305 - PATOGÊNESE DE VÍRUS EMERGENTES – TURMA JLM

Créditos: 3

Local/Sala:
Período de oferecimento: Horário: Quintas-feiras   das  08:00   às   12:00  - INICIO DAS AULAS 07/03/2019
Local/Sala: IB06, Prédio da CPG-IB, Bloco O, 1o. andar
Período de oferecimento: 1ª metade do 1º semestre (de 25/02/2019 a 04/05/2019)
Vagas: 30
Mínimo de alunos: 8
Responsável: Jose Luiz Proença Modena
Colaborador: Rafael Elias Marques Pereira Silva
Estudantes especiais: Não aceita

 

PROGRAMA:

Esta disciplina oferece um entendimento avançado sobre doenças virais emergentes, baseando-se na discussão de artigos científicos recentes e revisões abrangentes sobre os assuntos alvos. Focaremos a disciplina no estudo de vírus transmitidos por artrópodes (arbovirus) e a caracterização das doenças causadas pelos mesmos. Alguns dos vírus estudados serão: zika, chikungunya, oropouche, mayaro, dengue e febre do oeste do Nilo. Os mecanismos de patogenecidade incluirão as vias de reconhecimento imunológicos e os mecanismos de escape utilizados por esses vírus. A avaliação será baseada na apresentação de seminários, discussão em sala de aula e elaboração de um projeto de pesquisa sobre os temas abordados.

 

CRONOGRAMA:
A disciplina será ministrada nas quintas-feiras da primeira parte do semestre entre às 8:00h e 12:00h.
Aula 1: Introdução aos vírus emergentes
Aula 2: Introdução à resposta imune aos vírus
Aula 3: A resposta imune inata no controle das arboviroses emergentes
Aula 4: A resposta imune adaptativa na resposta aos arbovírus emergentes
Aula 5: A quebra da barreira hemato-encefálica pelos arbovírus
Aula 6: A infecção congênita pelos arbovírus
Aula 7: A microbiota intestinal e os arbovírus
Aula 8: Vacina e prevenção contra arbovírus
Aula 9: Screening e novos fármacos contra arbovírus
Aula 10: Fechamento e avaliação

 

BIBLIOGRAFIA:

1- Fields Virology, 6th eddition. Authors: David M. Knipe and Peter Howley

2- Principles of Virology, 4th eddition. Authors: Flint Jane, Vincent R. Racaniello, Gleen F. Rall, and Anna Marie Skalka

3 - Clinical Virology, 3th eddition. Authors: Douglas D. Richman, Richard J. Whitley and Frederick G. Hayden

4- Revisões e artigos escolhidos no momento da disciplina