Disciplinas - Férias de Verão/2019

NE110 - ECOLOGIA DE CAMPO I – TURMA GQR

 

Créditos: 15
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/01/2019 a 16/02/2019)
Vagas: 1
Mínimo de alunos: 1
Responsável: Gustavo Quevedo Romero
Estudantes especiais: Não aceita

 

PROGRAMA:  a definir


CRONOGRAMA: a definir


BIBLIOGRAFIA:

Fowler, J., Cohen, L. 1990. Practical statistics for field biology. Open University Press, Milton Keynes England ; Philadelphia. Zar, J. H. 1999. Biostatistical Analysis. Prentice-Hall, Upper Saddle River, New Jersey. Sokal, R. R., Rohlf, F. J. 1981. Biometry. W.H. Freeman, San Francisco. Ayres, M., Ayres, M., Jr., Ayres, D. L., Santos, A. S. 2000. BioEstat 2.0: aplicações estatísticas nas áreas das ciências biológicas e médicas. (Software para PC/Windows). Sociedade Civil Mamirauá e CNPq, Tefé e Brasília. (Complementado por literatura de identificação taxonômica e de história natural de plantas e animais)

 

NE211 - ECOLOGIA DE CAMPO II – TURMA FRM - DISCIPLINA CANCELADA

 

Créditos: 15
Horário: Segunda-feira a Domingo  das  08:00 às 22:00
Local/Sala: Estações Ecológica e Experimental do Instituto Florestal em Itirapina, SP
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 08/01/2019  a  01/02/2019)
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Fernando Roberto Martins
Colaboradores: Flávio Antonio Maës dos Santos, Peter Stoltenborg Groenendyk, Rafael Silva Oliveira e Simone Aparecida Vieira

 

NE320 - TÓPICOS ESPECIAIS EM ECOLOGIA - TURMA NM

Tema: Introdução ao manejo e visualização de dados em linguagem R

Obs.: Só será autorizada a matrícula dos candidatos que foram selecionados (AA200 - por autorização da Coordenadoria)

 

Créditos: 3
Período de oferecimento:  Férias de Verão (de 04/01/2019 a 16/02/2019)
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 10
Responsável: Gustavo Quevedo Romero
Convidado: Prof. Nicholas Marino (UFRJ)
Estudantes especiais: Não aceita

 

PROGRAMA:

Descrição: atualmente, existe um consenso na necessidade da formação de recursos humanos qualificados à manipular e sintetizar grandes quantidades de informação. Visando preencher a carência neste aspecto da formação de alunos de pós-graduação, este curso busca apresentar algumas ferramentas disponíveis na Linguagem de Programação R que facilitam a manipulação e visualização grandes quantidades de informação.

Objetivo da Disciplina: esta disciplina tem como objetivo principal iniciar o aluno nas melhores práticas para o manejo e visualização de dados a curto, médio e longo prazo. Nela, serão cobertos tópicos como (1) à manipulação, limpeza e curadoria de dados; (2) o uso de gráficos para extração rápida de informações a partir de um grande volume de dados; e, (3) as melhores formas para a visualização de resultados de análises estatísticas.

Público Alvo: alunos de mestrado e doutorado;

Pré-requisitos: não é necessário ter conhecimentos prévios sobre a Linguagem de Programação R, apesar de ser desejável que o aluno já tenha tido algum contato com ela;

Metodologia: serão ministradas aulas presenciais teórico-práticas. As aulas terão um cunho voltado para o aprendizado ativo, onde os alunos realizarão tarefas relacionadas ao conteúdo da aula simultaneamente à sua apresentação - sendo desafiados a aplicar o conhecimento apresentado e encorajados a usar esta base para resolver uma tarefa mais complexa.

Programa: (a) fundamentos básicos da linguagem de programação R; (b) leitura de dados no ambiente da Linguagem R; (c) visualização de dados usando a gramática dos gráficos; (d) limpeza de dados dentro de um ambiente de programação; (e) bases de dados relacionais e sua manipulação; (f) visualização dos resultados de análises de dados.

 

BIBLIOGRAFIA:

  1. Hadley Wickham & Garrett Grolemund, R for Data Science
  2. Baker & Penny, 2016, Nature, Is there a reprodubility crisis
  3. Baker, 2017, BioScience, Big data opens promising career paths for biologists
  4. Barba, 2016, Science, The hard road to reproducibility
  5. Barraquand et al, 2014, PeerJ, Lack of quantitative training among early-career ecologists - a survey of the problem and potential solutions
  6. Blischak et al, 2016, PLOS Comp Biol, A quick introduction to version control with Git and GitHub
  7. Borer et al, 2009, Bull Ecol Soc Am, Some simple guidelines for effective data management
  8. Elison, 2010, Ecology, Repeatability and transparency in ecological research
  9. Hampton et al, 2012, Front Ecol Environ, Ecological data in the information age
  10. Hampton et al, 2013, Front Ecol Evol, Big data and the future of ecology
  11. Ihle et al, 2017, Behav Ecol, Striving for transparent and credible research - practical guidelines for behavioral ecologists
  12. Nature, 2017, Nature, Five ways to fix statistics
  13. Parr & Cummings, 2005, Trends Ecol Evol, Data sharing in ecology and evolution
  14. Piwowar et al, 2011, Nature, Data archiving is a good investment
  15. Sandve et al, 2013, PLOS Comp Biol, Ten simple rules for reproducible computational research
  16. Smith, 2009, BMC Research Notes, Data publication - towards a database of everything
  17. Wilson et al, 2014, PLOS Biology, Best practices for scientific computing
  18. Wilson et al, 2016, PLOS Biology, Good enough practices in scientific computing

 

NE320 - TÓPICOS ESPECIAIS EM ECOLOGIA - TURMA PSG

Tema: Análise de dados e apresentação de gráficos usando a linguagem R.

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira, Quarta-feira  e  Sexta-feira das 09:00  às  18:00
Local/Sala: a definir
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/02/2019 a 15/02/2019)
Vagas: 13
Mínimo de alunos: 2
Responsável: Peter Stoltenborg Groenendyk
Estudantes especiais: aceita - solicitar autorização do professor responsável e seguir instruções

 

PROGRAMA:

A linguagem de programação R está se tornando crucial para análisar dados e apresentar resultados de pesquisa. A disciplina trabalhará as possibilidades que o programa R tráz para exploração, análise estatística e apresentação de dados. A linguagem de programação do R será introduzida de forma básica, trabalhando a entrada, formatação e análises exploratórias de dados. Os alunos irão aprender a usar o pacote base do R para fazer gráficos simples (de ponto, linha, barra e boxplots), e a usar o pacote ggplot2 para fazer gráficos mais complexos. No final será abordado como formatar gráficos, incluír neles resultados estatísticos e como exportá-los em diversos formatos.

A avaliação será feita por meio de exercícios pós-aula (pelo Google Classroom) bem como considerando a participação do discente durante as aulas e no Classroom.

 

CRONOGRAMA:
Aulas teóricas de manhã e práticas à tarde, três vezes por semana, durante as duas primeiras semanas de fevereiro:

  • 04/02 - Introdução à linguagem R e ao RStudio
  • 06/02 - Leitura, indexação e manipulação de dados no R
  • 08/02 - Operações com os dados no R (pacotes base, dplyr e tidyr)
  • 11/02 - Análise exploratória dos dados e gráficos base (ponto, linha, barra e boxplot)
  • 13/02 - Gráficos no ggplot2 (gráficos complexos com poucos comandos)
  • 15/02 - Apresentar resultados estatísticos nos gráficos e exportação de gráficos

 

BIBLIOGRAFIA:  A ser disponibilizada no período do oferecimento da disciplina.

 

NE412- ECOLOGIA DE CAMPO IV – TURMA FRM - DISCIPLINA CANCELADA

 

Créditos: 15
Horário: Segunda-feira a Domingo das 08:00 às 22:00
Local/Sala: Estações Ecológica e Experimental do Instituto Florestal em Itirapina, SP
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 08/01/2019 a 01/02/2019)
Vagas: 5
Mínimo de alunos: 1
Responsável: Fernando Roberto Martins
Colaboradores: Flávio Antonio Maës dos Santos, Peter Stoltenborg Groenendyk, Rafael Silva Oliveira e Simone Aparecida Vieira

 
 

NE441 - TÓPICOS EM ECOLOGIA – TURMA EZS

Tema:  Mamíferos: adaptação, diversidade, ecologia


Créditos: 4
Horário: Segunda-feira  a  Sexta-feira das 10:00 às  18:00
Local/Sala: a definir
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/02/2019 a 15/02/2019)
Vagas: 6
Mínimo de alunos: 3
Responsável: Eleonore Zulnara Freire Setz
Estudantes especiais: Não aceita

 

PROGRAMA:

Introdução (História da Mastozoologia, métodos, filogenia e diversificação, evolução e características dentais, biogeografia)

Estrutura e Função (Tegumento, suporte e movimento, modos de alimentação, sistemas de controle e ritmos biológicos, adaptações ambientais, reprodução)

Irradiação adaptativa e diversidade (Monotremados e marsupiais, Tenrecoidea, Macroscelidae, Scandentia, Dermoptera, Solenodonta, Soricomorpha e Erinaceomorpha; Chiroptera, Primates, Pilosa e Cingulata, Pholidota e Tubulidentata; Carnivora; Rodentia e Lagomorpha, Probocidea, Hyracoidea e Sirenia; Perissodactyla e Artiodactyla, Cetacea)

Comportamento e ecologia (Comunicação, agressão e relações espaciais; seleção sexual, cuidado parental e sistemas de acasalamento; comportamento social; Dispersão, seleção de habitat e migração; populações e história de vida, ecologia de comunidades)

Tópicos especiais (Parasitas e doenças, domesticação e mamíferos domesticados; conservação)

 
CRONOGRAMA:
O programa apresenta cinco partes e segue a estrutura do livro “Mammalogy: adaptation, diversity, ecology de Feldhamer et al. 2015, 4ª. Ed. Johns Hopkins Univ. Press, Baltimore. 747p.

Obs.: de acordo com os interesses dos alunos, algumas partes do programa devem ser priorizadas, tratadas com mais profundidade, que outras, em parte como decorrência de ser uma disciplina condensada e o assunto ser extenso.

O programa será realizado através de aulas teóricas e práticas, leituras e discussão de artigos atualizados selecionados e seminários. Nas aulas práticas a coleção de Zoologia de Vertebrados, dentro de suas limitações à fauna nativa, será utilizada.

 
BIBLIOGRAFIA:

“Mammalogy: adaptation, diversity, ecology de Feldhamer et al. 2015, 4ª. Ed. Johns Hopkins Univ. Press, Baltimore. 747p.

Os artigos (Journal of Mammalogy, Acta Theriologica, Science, Nature, por exemplo) serão escolhidos em conjunto e serão disponibilizados no período do oferecimento da disciplina.

 

NE441 - TÓPICOS EM ECOLOGIA – TURMA MHM

Tema: Resiliência Ecológica

 

Créditos: 4
Horário: Segundas-feiras 9 - 11H00
Local/Sala:
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/01/2019 a 16/02/2019)
Vagas: 1
Mínimo de alunos: 1
Responsável: Marina Hirota Magalhães
Estudantes especiais: Não aceita

 

PROGRAMA:
Teoria de Sistemas Dinâmicos, Resiliência da Engenharia vs. Resiliência Ecológica, Estados Alternativos de Equilíbrio, Ciclos Adaptativos, Limiares (tipping points), Desaceleração do Sistema (Critical Slowing-down), Sistemas Socio-Ecológicos, Manejo da Resiliência, Mecanismos de retroalimentação, Panarquia (interações em múltiplas escalas).

 

CRONOGRAMA:  a definir

BIBLIOGRAFIA:

Livros

- GUNDERSON, L. H. & HOLLING C. S. (2002). Panarchy: understanding transformations in human and natural systems. Island press.

- SCHEFFER, M. (2009). Critical transitions in nature and society. Princeton University Press.

- RESILIENCE ALLIANCE. 2010. Assessing resilience in social-ecological systems: Workbook for practitioners. Version 2.0.

- WALKER, B., & SALT, D. (2012). Resilience thinking: sustaining ecosystems and people in a changing world. Island Press.

- BIGGS, R., et al. (Eds.). (2015). Principles for building resilience: sustaining ecosystem services in social-ecological systems. Cambridge University Press.

Artigos

- PETERSON, G. D., et al. (2003). Scenario planning: a tool for conservation in an uncertain world. Conservation biology, 17, 358-366.

- HIROTA, M., et al. (2011). Global resilience of tropical forest and savanna to critical transitions. Science, 334, 232-235

- SCHEFFER, M., et al. (2015). Generic Indicators of Ecological Resilience. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 46, 145-167.

- SCHEFFER, M., et al. (2015). Creating a safe operating space for iconic ecosystems. Science, 347, 1317-1319.

Outras fonts

-Synergy Program for Analysing Resilience and Critical transitions (http://www.sparcs-center.org/applications.html)

- Early Warning Signals Toolbox (http://www.early-warning-signals.org/)

 

NE444 - TÓPICOS EM ANÁLISES DE DADOS EM ECOLOGIA – TURMA AVF - DISCIPLINA CANCELADA

Tema:  Princípios de Sistemática Filogenética e Taxonomia
Obs.: A disciplina será ministrada em inglês

 

Créditos: 8
Horário: Segunda-feira  a  Sexta-feira das 09:00  às  18:00
Local/Sala: a definir
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 11/02/2019 a 15/02/2019)
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 1
Responsável: André Victor Lucci Freitas

  

NE449 - TÓPICOS ESPECIAIS EM ECOLOGIA II – TURMA AVF - DISCIPLINA CANCELADA

Tema: Descomplicando a Ilustração Científica Digital

 

Créditos: 3
Horário: Segunda-feira  a  Quinta-feira das 09:00 às 17:00
Local/Sala: a definir
Período de oferecimento: Férias de Verão (de 04/02/2019 a 07/02/2019)
Vagas: 20
Mínimo de alunos: 5
Responsável: André Victor Lucci Freitas